Un prédateur, sans les dents et le poil

Publié originalement le 18 février 2015

Mon mois (et demi) de terrain se termine cette semaine et je serais de retour à ma vie de bureau, avec un accès internet régulier. Mais je ne peux pas terminer cette belle expérience sans expliquer à quoi sert l’urine de coyote!

Dans un épisode précédent, j’ai expliqué que je place différents assemblages de branches en forêt pour étudier comment les plantes accompagnatrices peuvent modifier la susceptibilité au broutement par le cerf (1). D’autres choses que les plantes accompagnatrices peuvent modifier comment les herbivores sélectionnent leur nourriture. Par exemple, leur état : est-ce qu’ils sont affamés ou non? Ou, ce qui m’intéresse ici, la possibilité qu’un prédateur se trouve dans le secteur.

Comment les cerfs peuvent-ils savoir que le risque d’être tué est grand? Ils utilisent l’information disponible, fournie par leurs sens. Voir ou entendre un prédateur est un bon indicateur que le risque est grand. Malheureusement pour les cerfs, les prédateurs essaient d’être subtils lorsqu’ils chassent. Et on ne goûte et ne touche pas fréquemment un prédateur. Reste l’odorat (2)! Les prédateurs laissent des traces odorantes, notamment leur urine.

Donc, vous me voyez venir, je place de l’urine de prédateur près des de mes branches pour simuler la présence d’un prédateur. C’est beaucoup plus facile que de mettre un coyote en cage à proximité. Les cerfs devront donc faire un compromis entre leur alimentation et ce risque de prédation. Dans le cas qui nous occupe, cela veut dire que les cerfs devraient passer moins de temps dans les parcelles avec risque de prédation élevé. Ils y seront plus vigilants (comportement de surveillance) et moins sélectifs.

Je réalise cette expérience en Outaouais, où les prédateurs (coyote et loups) sont présents. Mais je la fais également à Anticosti, où il n’y a pas de prédateur naturel du cerf. Si j’observe une réaction de « peur », comment savoir si les cerfs ont reconnu l’urine de coyote? J’utilise donc également de l’urine de pékan (3), qui n’est pas un prédateur du cerf. Si les cerfs réagissent à l’urine de coyote et pas à celle de pékan, nous saurons que c’est réellement au risque perçu de prédation qu’ils réagiront.

J’espère avoir des résultats à vous partager dans les prochains mois!

(1) J’en ai parlé à 2 reprises : http://survivreasondoctorat.blog.com/2015/01/08/2015-commence-en-grand/

http://survivreasondoctorat.blog.com/2014/12/17/la-metaphore-du-buffet-mon-projet-de-doctorat/

(2) Je simplifie : ils peuvent aussi voir des traces de prédateurs, mais je ne sais pas à quel point c’est une stratégie utilisée. Il y a probablement d’autres sources d’informations possibles…

(3) Un animal peu connu : http://fr.wikipedia.org/wiki/Martes_pennanti

OpenCon 2014 : mes impressions

Publié originalement le 20 novembre 2014

Et voilà, OpenCon 2014 est terminé. Et c'était une conférence exceptionnelle sur plusieurs plans. Je travaille présentement à créer un Prezi en anglais qui résumera les connaissances que j’ai acquises. J’écris également un article que je proposerai prochainement à Impact Campus, avec un résumé plus objectif de mon expérience (1). Par ce billet, j'aimerais plutôt vous ramener tout l'enthousiasme que cette conférence a créé chez moi.

Si vous n'avez qu'une seule chose à retenir de ce que je vais vous communiquer, c'est que la progression vers la science ouverte (open access, data et éducation) est inévitable. De plus, ce n'est pas un concept du futur, le phénomène est en cours. Est-ce que j'ai été absorbée par la secte de la science ouverte durant mon séjour? Probablement. Mais plus que les excellentes conférences auxquelles j'ai assisté, ce sont les rencontres avec les cabinets des sénateurs et officiels gouvernementaux qui m'ont convaincue de l'inévitabilité de la chose. Des lois ont été et seront votées en faveur de l'accès à la science. Comme l'a si bien dit le représentant de Open Access Nigeria:

"Open access wins all of the arguments all of the time" -Ahmed Ogunlaja, Open Access Nigeria, #opencon2014

— Travis Korte (@traviskorte) 16 Novembre 2014

Les décideurs voient le bon sens dans la science ouverte. Mon message serait donc de joindre le mouvement. Pourquoi faire partie de l'arrière-garde alors que vous pourriez être un précurseur?  Surtout qu'il y a des avantages immédiats à partager votre recherche (2).

Est-ce que j'ai changé d'opinion concernant le libre accès aux données? Oui et non. Oui, parce que je veux publier mes données si mes coauteurs le permettent. Je crois que cette avancée est en faveur de la science et non des intérêts personnels des chercheurs. Non, dans le sens que je comprends toujours ceux qui hésitent à le faire. Les arguments annoncés par certains présentateurs ne m'ont pas tous convaincue. La peur de se faire voler ses idées reste, mais elle est surpassée par le désir de l’avancement général dans mon domaine.

Et maintenant, que vais-je faire?

1. J'aimerais publier un preprint de mon prochain article, soit une version prérévision par les pairs, sur PeerJ preprint ou sur bioRxiv (3). Un accès plus rapide à ma recherche pour tous avec la possibilité d'avoir des commentaires constructifs. La majorité des journaux acceptent les articles ayant été publiés en preprint, mais on peut toujours vérifier sur sherpa-romeo (4) si c'est bien le cas.

2. Sans prendre un serment de type Open Science (5), je veux publier de façon à ce que mes articles soient soit en libre d’accès ou que je puisse les archiver sans problème.

3. Je promets de bloguer en français et en anglais sur mes articles. D'ailleurs, je peux même le faire pour ceux déjà publiés! Ma recherche sera donc plus accessible, plus rapidement.

4. Avec mes nouveaux contacts OpenCon, nous prévoyons créer une plateforme canadienne pour fournir de l’information canadienne sur le libre accès.

Un petit mot de conclusion sur la qualité de l’évènement. L’organisation avait prévu pratiquement tous les petits problèmes et détails. Les participants étaient engagés et ouverts aux rencontres. La conversation se poursuivait en parallèle sur Twitter, ce qui a permis beaucoup plus d’interactions et la génération de nombreuses idées. Très encourageant pour OpenCon 2015!

(1) Lien à venir!

(2) Plus de visibilité pour votre recherche, plus de citations pour vos articles. Je vous conseille de visionner le webcast Open Access 101 pour vous informer plus à ce sujet : http://vimeo.com/6973160. Vous pouvez également consulter mon précédent billet sur le sujet pour vous informer sur la science libre!

(3) https://peerj.com/about/preprints/what-is-a-preprint/, http://biorxiv.org/

(4) http://www.sherpa.ac.uk/romeo/

(5) Vous pouvez entendre Erin McKiernan parler de son serment en tant que jeune chercheuse dans cet entrevue pour @TheOKCast : http://okcast.org/2014/11/opencon-2014-erin-mckiernan-the-open-access-pledge/

Le libre accès en science : quelques faits et opinions

Publié originalement le 12 novembre 2014

Je l’ai annoncé il y a quelque temps, j’ai obtenu une bourse de la bibliothèque de l’Université Laval (merci) pour me rendre à OpenCon 2014 (1). Qu’est-ce qu’OpenCon 2014? Une conférence pour les étudiants et les chercheurs en début de carrière sur le libre accès en science (articles, données et éducation). Grâce aux webcasts OpenCon (2), j’ai déjà appris plusieurs choses sur le sujet. Voici un résumé pour vous éviter d’écouter ces webcasts (3) et mes préoccupations concernant le libre accès. Ça nous permettra de suivre l’évolution de mes idées! Je dois tout de même vous prévenir que je suis très favorable au libre accès, même avant d’assister à la conférence.

Qu’est-ce qu’on entend par libre accès? C’est l’accès gratuit immédiatement après publication avec le droit de réutilisation des articles, des livres scolaires et des données. Un commentaire ici : je n’avais jamais pris connaissance du côté réutilisation. Lorsqu’on applique le libre accès à l’éducation (livre scolaire) ou aux données, ça semble évident. Mais ça s’applique également aux articles scientifiques, notamment lorsqu’on veut extraire de l’information via des systèmes informatiques, comme Watson, cet ordinateur capable de répondre à des questions posées en langage commun (4).

Le libre accès est un mouvement en opposition avec la marchandisation de la production scientifique. Des organismes financent la recherche. Les chercheurs transforment cet argent en données et en articles scientifiques. Ces articles scientifiques sont donnés à des entreprises pour publication. Ces entreprises vendent les articles aux bibliothèques, universités et chercheurs. On achète avec des fonds publics la science produite avec des fonds publics.

Pour plusieurs, la solution est de publier dans des journaux de type libre accès, comme la série des PLOS. Certains facturent alors des frais aux auteurs pour publier l’article, mais les chercheurs de partout dans le monde y ont accès, ce qui peut augmenter la visibilité de sa recherche. Une autre solution est d’archiver ses articles (certaines universités et certains groupes de recherches ont des sites pour ça, 5). Le problème actuel est que beaucoup d’auteurs ne le feront pas tant qu’ils ne seront pas forcés :

What do we want: Open access. When do we want it: Immediately following forthcoming granting agency policy changes to require it.

— Shit Academics Say (@AcademicsSay) 11 Novembre 2014

Selon les tenants du libre accès, en changeant les politiques des universités et des organismes de financement, on inciterait les chercheurs à rendre leur recherche accessible.

La libre éducation vise à ce que les étudiants obtiennent les textes de références nécessaires à leurs études et à ce qu’ils conservent ces textes et puissent les partager. Cela concerne également la possibilité d’accéder à des cours gratuits en ligne. Dans ce webcast, le présentateur indiquait que s’attaquer aux frais de scolarité était trop politique et que le matériel scolaire était très cher. Personnellement, ça ne reflète pas mon expérience. Mes professeurs au baccalauréat ont peu utilisé de livres et je n’ai jamais dépensé plus de 500 $ en matériel pour une session (et ça, c’est le maximum!). Malgré ses résultats mitigés, l’expérience québécoise me dit qu’on peut s’attaquer aux frais de scolarité (6).

Finalement, le libre accès aux données. Par libre accès aux données, on entend de rendre accessible et réutilisable ses données après publication. Comme ça, d’autres chercheurs peuvent réanalyser vos données, les ajouter à d’autres, bref, faire avancer la science. Bien entendu, on exclut de ce partage des données sensibles, par exemple des données sur la distribution d’espèces en danger qui pourraient être braconné. Ce qui semble évident en génétique semble causer plus de remous pour les écologistes comme moi. Je suis en accord avec le concept, mais quand je pense à mes collègues qui réutilisent les bases de données dont certains résultats ont été publiés, j’ai peur. Imaginez commencer un doctorat avec 20 ans de données de colliers satellites sur des animaux et être scoopé par des chercheurs ailleurs dans le monde, avec vos propres données! Je vais donc à OpenCon en grande partie pour en apprendre plus sur le libre accès aux données.

Le résumé que je viens de vous faire est très rapide. Vous pouvez m’adresser vos questions sur ces thématiques via les commentaires ci-dessous ou sur @MissEmilieC. Je serai également active sur Twitter durant mon expérience OpenCon !

J’ai traduit librement certains termes de l’anglais pour ce billet. Pas facile d’écrire en français !

(1) http://www.opencon2014.org/

(2) https://www.youtube.com/watch?v=5YwASIziPIQ, https://www.youtube.com/watch?v=5Dauh_PeAzI, https://www.youtube.com/watch?v=6UUDhVGd8uA

(3) Les webcast sont d’une bonne qualité avec des gens intéressants et je vous les conseille. Mais 4 heures…c’est long !

(4) http://en.wikipedia.org/wiki/Watson_%28computer%29

(5) Vous pouvez consulter les règles d’archivages en fonction du journal où l’article est publié sur ce site : http://www.sherpa.ac.uk/romeo/

(6) http://fr.wikipedia.org/wiki/Gr%C3%A8ve_%C3%A9tudiante_qu%C3%A9b%C3%A9coise_de_2012

J'ai mon profil Research Gate plogué sur mon Twitter, pis celui de Twitter plogué dans Academia (1)

Publié originalement le 30 octobre 2014

Vous procrastinez probablement fréquemment sur Facebook, mais si je vous disais que vous pourriez conjuguer réseaux sociaux et activités académiques, que diriez-vous? Votre attention est captée? Le billet de cette semaine parlera d’outils sociaux scientifiques et sera fortement inspiré de celui-ci [1], écrit par le Prof Patrick Dunleavy et par mon expérience personnelle.

Pour un chercheur, l’utilité d’avoir une présence virtuelle est évidente : diffuser ses résultats au plus grand nombre possible [1]. Quand j’en parle à mes collègues étudiants à la maitrise/doctorat, j’obtiens souvent la réponse suivante : « Mais, je n’ai rien publié encore! » OK. Mais vous voulez qu’on parle de votre projet non? C’est tout l’intérêt de la science, diffuser les résultats. En bâtissant un réseau virtuel, vous pourriez attirer de nouvelles collaborations, créer des contacts avec d’autres étudiants ou des chercheurs. Éventuellement, ce réseau pourrait vous servir à trouver un doctorat ou un postdoctorat. Donc, arrêtez de me servir vos fausses excuses!

Personnellement, j’utilise Research Gate (2). Je m’y suis créé un profil qui regroupe publications, champs d’intérêt, projets actuels. Beaucoup de biologistes l’utilisent, ce qui augmente sa pertinence pour moi. En plus, on obtient un genre de cote et c’est donc très attirant pour tous les scientifiques qui ont un côté gamer. On peut poser et répondre à des questions, mais franchement, ce système est mal géré. Les questions posées sont souvent de l’identification à partir de photos ou de la recherche d’article pour quelqu’un d’autre. Euh, cessez cette paresse intellectuelle! Par contre, on peut demander aux auteurs l’accès à leurs articles et suivre leurs nouvelles publications. Pratique! J’ai également un profil Academia (3), mais je n’utilise plus le site… principalement par manque de popularité. Academia, c’est le Google+ des réseaux sociaux scientifiques (Désolée). C’est quand même pratique d’avoir un profil, car Academia me prévient si des gens me cherchent sur Google. Ça peut sembler inutile, mais si vous venez d’envoyer un courriel à un chercheur et que dans la journée suivante on vous cherche sur Google, ça vous donne une vague indication que votre courriel a été lu. Comme toute la planète qui travaille ou presque, j’ai mon profil LinkedIn (4). Ce ne sera pas le jour où je me chercherai un job qu’il sera temps de me créer un réseau de contacts!

Si vous êtes un scientifique publié (ou avec un mémoire de maitrise ou une thèse), vous pouvez également créer un profil sur Google Scholar. Google Scholar vous suggèrera même de nouvelles publications à lire. Dans la même ligne, Mendeley dont j’ai parlé dans mon billet sur les logiciels de référence bibliographique est aussi un réseau d’échange. Par contre, bien que je connais des gens qui utilisent Mendeley, aucun ne semble l’utiliser comme réseau social.

Ça en fait beaucoup, je sais, mais la plupart ne demandent que peu de temps à créer et ne vous oblige aucunement à une consultation journalière ou hebdomadaire. Et honnêtement, si vous avez un profil sur chacun de ces sites, vous serez numéro 1 parmi vos homonymes la prochaine fois que vous vous googlerez.

(1) Titre inspiré des paroles de Serge Fiori, dans la chanson Le monde est virtuel

(2) https://www.researchgate.net/application.Login.html

(3) http://www.academia.edu/

(4) https://www.linkedin.com/nhome/

[1] Dunleavy, P. 2014. Are you an academic hermit? Consulté en Octobre 2014, https://medium.com/advice-and-help-in-authoring-a-phd-or-non-fiction/are-you-an-academic-hermit-6d7ae5a0f16a

Citer, un problème en sciences sociales ?

Publié originalement le 27 octobre 2014

Ce matin, je suis tombée sur un nouvel article de @Write4Research.(1) Si vous ne suivez pas encore ce blogue intelligent, toujours bien écrit et pratique, je ne peux que vous le recommander!

Le sujet aujourd'hui? Le manque de citation aux travaux précédents dans certains domaines. Je ne savais pas qu'il existait une telle disparité entre domaines...

Si seulement on pouvait également avoir des statistiques sur les mauvaises citations (citer un article alors qu'il ne supporte pas l'idée que l'on écrit)!

(1) https://medium.com/advice-and-help-in-authoring-a-phd-or-non-fiction/poor-citation-practices-are-a-form-of-academic-self-harm-in-the-humanities-and-social-sciences-2cddf250b3c2

Rien qu’une fois, sur le terrain : harcèlement sexuel et milieu académique

Publié originalement le 17 septembre 2014

Cette semaine, j’aborde un sujet qui a fait beaucoup de bruit dans le milieu académique anglophone, soit le harcèlement sexuel particulièrement lors des travaux de terrain, hors université. Suite à la publication d’un article dans Plos (1), les réactions ont fusé de toute part (2), avec raison. Brièvement, l’étude par Clancy et al. (2014) nous apprends que 64 % des répondants ont subi du harcèlement sexuel et plus de 20 % ont vécu une agression sexuelle. Les femmes, qui composaient la majeure partie de l’échantillon, subissent plus fréquemment du harcèlement sexuel et ce harcèlement provient majoritairement de leur supérieur. Malheureusement, peu de victimes connaissent les ressources disponibles pour dénoncer le harcèlement et lorsqu’elles dénoncent, elles sont souvent insatisfaites du résultat. Cette étude a des limites et je vous conseille de lire l’article pour vous en informer.

Ma première constatation est en fait une question. Pourquoi n’en a-t-on pas parlé en français et surtout au Québec? Il est possible que la question soit simplement passée sous le radar. Comme la communauté académique représente une petite proportion de la population mondiale, le nombre de personnes touchées par la situation sera faible au Québec. Pourtant, je considère qu’il est essentiel de s’attaquer à la question parce que le harcèlement sexuel se produit partout. Bref, aujourd’hui, je redresse la situation! Notons toutefois qu’avec une rapide recherche, j’ai pu trouver quelques ressources venant de la France (3).

Deuxième constatation : le phénomène est beaucoup trop fréquent. Est-il plus ou moins fréquent que dans d’autres milieux de vie? Je ne le sais pas et je ne crois pas que ce soit important, car un cas est déjà de trop. Sommes-nous moins touchés ici? On considère généralement que nous jouissons d’une belle égalité et d’un beau respect entre les sexes au Québec. Sous ce parapluie, on se cache de l’orage et on se fait croire que tout va bien. En l’absence de données, on ne peut s’avancer sur la prévalence, mais ça n’empêche pas d’agir pour améliorer la situation.

Donc, que faire? En me basant sur différents blogues (2, 4, 5) et sur l’article de Clancy et al, je vous amène les pistes d’action suivantes :

• S’informer et informer les autres : avant le travail de terrain, j’ai reçu une formation en santé et sécurité au travail, une formation de premiers soins en région éloignée, une formation de conduite de VTT. Mais on ne m’a jamais offert (à mon souvenir) de formation sur quoi faire en cas de harcèlement ou d’agression. Je crois qu’il est du devoir de l’Université, du département et des directeurs de laboratoire de répandre cette information. C’est également notre responsabilité à tous de s’informer. Mon Université propose un site web intéressant (4) et je vous invite à trouver les initiatives de votre université.
• Réagir : je n’ai pas dit vous battre! Mais exprimer votre désaccord face à une situation dont vous êtes témoin est important. Sinon, vous n’êtes qu’un complice. La victime n’est pas nécessairement en état de réagir. Projet crocodile explique comment réagir en tant que témoin de harcèlement ou d’agression (5). Bien que certains points s’appliquent moins bien sur le terrain (haha, utiliser un cellulaire!), c’est bien fait et une BD résume mieux le sujet que ce que je pourrais faire! (Précision ajoutée le 12-11-2014: la victime n'est pas complice. Jamais)

Ce n’est pas complet, mais je crois vous avoir donné suffisamment de références pour mieux vous équiper. Maintenant, si vous doutez des effets néfastes du simple harcèlement, je vous suggère de lire le témoignage d’une étudiante : (6).

10 décembre 2014/Ce texte a eu des répercussions inattendues: http://survivreasondoctorat.blog.com/2014/12/10/du-blogue-vers-la-vie-reelle/

(1) Clancy K.B.H., Nelson R.G., Rutherford J.N., Hinde K. (2014) Survey of Academic Field Experiences (SAFE): Trainees Report Harassment and Assault. PLoS ONE 9: e102172. doi:10.1371/journal.pone.0102172
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0102172

(2) Entre autres : https://harvardmagazine.com/2014/08/sexual-harassment-academic-fieldwork, https://www.insidehighered.com/blogs/gradhacker/sexual-harassment-and-fieldwork-being-ally

(3) http://etudiant.lefigaro.fr/vie-etudiante/news/detail/article/harcelement-sexuel-un-guide-pour-se-proteger-des-profs-abusifs-4278/
http://leplus.nouvelobs.com/contribution/1193742-harcelement-sexuel-l-enseignement-superieur-reste-trop-protege.html
http://www.letudiant.fr/educpros/actualite/les-etudes-doctorales-seraient-propices-au-harcelement-sexuel-et-moral.html

(4) http://www2.ulaval.ca/services-de-a-a-z/harcelement/a-propos-du-cpimh.html

(5) http://projetcrocodiles.tumblr.com/

(6) http://blogs.scientificamerican.com/context-and-variation/2012/01/30/from-the-field-hazed-tells-her-story-of-harassment/