Des bonnes nouvelles?

Il n'y a pas si longtemps, je vous parlais du ratio des genres dans les départements de biologie des universités canadiennes avec des données patiemment récoltées par moi-même. La situation n'est vraiment pas très belle avec une moyenne de 2 professeur-chercheurs pour chaque professeur-chercheuse.

Jeremy Fox, professeur à Calgary et un des auteurs du blogue Dynamic Ecology a regardé le recrutement actuel de professeurs en écologie (donc un sous-échantillon des professeurs précédemment recensés).

La bonne nouvelle? Un ratio des genre très équilibrés dans les personnes récemment engagées!

Les moins bonnes (selon moi)? C'est qu'à ce rythme, ça va prendre plusieurs années à avoir des départements équilibrés. Aussi, c'est un ratio global. Il est possible que certaines institutions restent extrêmement déséquilibrées.

Réjouissons-nous, mais ne considérons pas la situation comme réglée!

Quand la vulgarisation scientifique n'est pas votre tasse de thé...

Il est extrêmement difficile d’apporter une réponse à certaines questions et bien souvent, ces questions deviennent récurrentes : posées souvent, mais sans aucune réponse satisfaisante. Ou alors avec des réponses qui s’opposent et qui ne satisfont que les gens déjà convaincus par cette réponse.

Une de ces questions est la place de la vulgarisation scientifique dans le travail d’un chercheur. J’en entends parler presque quotidiennement sur Twitter grâce à des comptes comme @iamscicomm, @SciComm_Hub, @ScienceBorealis. Ce que je fais sur ce blogue pourrait également être partiellement considéré comme de la communication scientifique. Enfin, je pense.

Vous serez donc peut-être surpris de ma prochaine phrase (moi-même je me surprends) :

Je ne crois pas que tous les scientifiques devraient faire de la vulgarisation.

Parce que :

  1. L’envie et la capacité ne viennent pas avec le métier. Ce n’est pas parce qu’on est un scientifique qu’on devient soudainement bon pour simplifier notre pensée. Certaines personnes n’ont d’ailleurs aucun intérêt pour ce type d’activité. Et je crois fermement que lorsque le cœur n’y est pas, le résultat n’y est pas non plus.
  2. Il existe des professionnels dont c’est le travail. Il existe d’excellentes émissions de télévision et de radio consacrée à la vulgarisation scientifique. OK, parfois leurs explications ne sont pas parfaites du point de vue scientifique. Mais ces gens sont experts de la vulgarisation et donc mieux à même de faire le pont entre les scientifiques et le public.

De plus, certaines personnes prétendent que les articles scientifiques devraient être écrits de façon à être plus accessibles. Désolée, mais non. L’objectif d’un article scientifique est 1) d’informer ses pairs de ses découvertes; 2) d’établir la validité des méthodes employées; 3) de permettre la réplication de l’étude (1). Le langage abscons (2) qu’on y trouve m’est utile à moi, « experte » dans ce domaine. Est-ce qu’on demande à un ingénieur d’expliquer à un autre ingénieur le fonctionnement d’un système de la même façon qu’il l’expliquerait à un enfant? Non et c’est bien ainsi.

Ceci dit, je crois que la vulgarisation scientifique est essentielle. Elle devrait être mieux reconnue dans les candidatures des professeurs-chercheurs et être correctement financée.

En désaccord avec moi? Exprimez-vous!

(1) Voyez-vous d'autres raisons?

(2) Obscur et incompréhensible!

Semaine du libre accès 2016: Actions concrètes pour étudiants

*Si vous ne l’avez pas encore fait, je vous invite à aller lire mon texte Les trous dans le tuyau sur le site Françoise Stéréo !*

Nous sommes dans la semaine du libre accès et dans ce cadre, j’ai donné conjointement avec Valérie Harvey, doctorante en sociologie, une présentation à la bibliothèque de l’Université Laval. Toutes deux avons en commun notre participation à OpenCon grâce à cette même bibliothèque. Dans ce cadre, on a réfléchi à quelques conseils qu’on pourrait donner à des étudiants qui veulent que leur science soit libre d’accès. Voici donc un résumé de nos conseils :

1- S’informer : je crois qu’il est essentiel pour un chercheur évoluant dans le monde actuel (1) de maîtriser les différentes notions liées au libre accès. Qu’est-ce qu’un article publié dans le gold open access ? Le green open access? Quelles sont les nouvelles règles concernant le libre accès dans les organismes de financement canadiens ? Qu’est-ce que le droit d’auteur et la licence d’utilisation ? Heureusement, il existe plusieurs ressources à ce sujet. Notamment : SPARC et OOOCanada. Et aussi le portail du libre accès de la bibliothèque de l’Université Laval.

2- Discuter : avec son entourage, pour répondre la bonne nouvelle. Mais surtout avec son directeur/directrice de maîtrise ou de doctorat. Le mieux serait d’avoir cette discussion en début de projet, mais n’importe quel moment peut convenir. Les points à aborder ? La possibilité de publier en libre accès et de disposer de fonds lorsque le journal est payant. L’archivage en ligne des données du projet. L’utilisation de preprint. Les changements possible d'apporter aux contrats avec les éditeurs (une chose que j'aimerais faire, mais que je n'ose pas encore). C’est un bon départ !

3- Archiver : ses données (2), ses preprints, ses articles publiés (selon les règles du contrat signé avec l’éditeur et de son organisme de financement).

4- S’afficher : faire de la science ouverte, c’est également s’assurer que notre œuvre soit facilement accessible et trouvable. Se créer un profil Academia.edu, ResearchGate, GoogleScholar (minimal et essentiel à mon avis !) ainsi qu’un identifiant ORCID. D’ailleurs, pour ceux qui sont à Québec, la bibliothèque organise un 4 à 7 ce vendredi au Fou AÉLIES où l’on pourra se créer un ORCID. J’y serai !

J’aimerais bien savoir ce que vous pensez de tout ça…laissez-moi vos commentaires !

(1) Et non dans le monde dans lequel son directeur/directrice de recherche a évolué. Étonnamment, plusieurs étudiants ne semblent pas comprendre que le monde académique a beaucoup changé ces dernières décennies, particulièrement à cause d’Internet.

(2) Je suis délinquante sur ce point, mais je vais essayer de régler cela avant de graduer!

La journée d'Ada Lovelace

Cette semaine, on célébrait la journée d’Ada Lovelace, de son vrai nom Augusta Ada King-Noel, Countess of Lovelace. Vous ne connaissez pas Ada? Comme bien des femmes scientifiques, elle est tombée dans un certain oubli.

Et comme quelques scientifiques, elle est maintenant énormément célébrée et présentée comme un exemple. On peut difficilement s’opposer à la vertu et je suis donc très heureuse que les premiers travaux d’Ada sur les ordinateurs soient reconnus. Mais, fidèle à moi-même, j’ai une certaine réserve face à la glorification de scientifiques individuels.

Des quelques portrait existant d'Ada, celui-ci est le plus frappant. Comme quoi on peut être féminine et intelligente...

Premièrement, la science est un travail éminemment collectif. Oui, certains chercheurs et chercheuses ont apporté des contributions exceptionnelles et il faut le reconnaitre. Toutefois, leurs travaux se basent sur des années de recherche par d’illustres inconnus. C’est ce qui explique d’ailleurs que certaines découvertes scientifiques sont effectuées au même moment à deux endroits du globe. Un petit peu de zeitgeist, porté par les découvertes des années précédentes. On ne fait pas de science dans une bulle imperméable aux connaissances. Isaac Newton aurait d’ailleurs écrit : « J'ai vu plus loin que les autres parce que je me suis juché sur les épaules de géants. »

Deuxièmement, la déification (1) d’un scientifique nous donne l’impression qu’il faut un cerveau exceptionnel pour faire de la science. C’est faux. La nature est à la portée de n’importe qui a la volonté de l’étudier. Il faut de la persévérance, de la curiosité et oui, de l’intelligence, mais nul besoin d’être un génie. C’est d’autant plus important quand on donne des modèles à des jeunes filles qui doutent déjà de leur capacité à travailler en science et qui ont si peu de modèles.

Bref, célébrons les femmes et la diversité en science! C’est bon pour tout le monde. Mais assurons-nous que des modèles de réussite diversifiée soient présentés.

(1) Bon, j’exagère un peu pour Ada. Mais Einstein est clairement déifié!

Est-ce qu’il y a réellement une perte de biodiversité locale?

Ma tête roule à 100 miles à l’heure ces temps-ci. Tellement, que je ne savais pas trop quel sujet aborder. Je suis donc retourné voir mon sondage et j’ai vu un intérêt pour la vulgarisation scientifique (bien que les réponses obtenues soient très diverses). Ce qui m’amène à vous parler d’un article pas si récent (2013), mais qui déclenche encore les passions dans le milieu de l’écologie.

Cette étude s’attarde à la biodiversité, soit le nombre d’espèces présentes dans un milieu. Globalement, la biodiversité décline et il est incontestable que certaines espèces disparaissent ou sont en voie de disparition. Vellend et collaborateurs se sont toutefois demandé si cette diminution globale est également visible à une échelle locale. C’est-à-dire qu’ils posent la question suivante : si l'on regarde les données prises dans de petites parcelles, en deux années différentes (1), est-ce qu’il y aura un déclin dans le nombre d’espèces? Ils ont donc écumé la littérature scientifique et effectué une méta-analyse. Leur résultat principal est heureusement simple à comprendre (les commentaires en français sont de moi) :

Non, la biodiversité ne décline pas à l’échelle locale, car la majorité des études rapportent un changement dans le nombre d’espèces qui est près de 0. Les scientifiques et les médias rapportent souvent qu’il faut préserver la biodiversité, car elle maintient les fonctions et services d’un écosystème (comme la production de nourriture, par exemple). Sauf que les fonctions écologiques s’effectuent généralement à des échelles locales et qu’il n’y a pas de perte de biodiversité à cette échelle…

Bon, il faut apporter quelques nuances. (1) Cette étude ne regarde que la diversité végétale. (2) Cette étude ne parle pas de la composition. En effet, on peut avoir le même nombre d’espèces dans un milieu, mais n’avoir que des plantes envahissantes. Ces plantes envahissantes, ayant évolué dans un autre écosystème, pourraient ne pas être très utiles aux organismes d’ici. N’empêche que cette étude a marqué le début d’une discussion très intéressante dans le milieu, discussion qui continue aujourd’hui.

Vellend, M., L. Baeten, I. H. Myers-Smith, S. C. Elmendorf, R. Beauséjour, C. D. Brown, P. De Frenne, K. Verheyen and S. Wipf. 2013. Global meta-analysis reveals no net change in local-scale plant biodiversity over time. Proceedings of the National Academy of Sciences 110: 19456-19459.

(1) Séparées d’au moins 5 ans.

Interlude de programmation: enregistrer une figure

Hier, c’est encore arrivé. J’ai vu passer, sur un média social, un des conseils que je déteste le plus. Comme je ne peux pas vous surveiller en tout temps, j’ai décidé de clarifier cette situation via mon blogue :

N’utilisez pas la fonction d’exportation intégrée à Rstudio!

Premièrement, je ne suis pas une intégriste de ce qu’on doit et ne doit pas faire. Vous pouvez ignorer mon conseil et être un excellent étudiant/codeur/scientifique. Par contre, je vous donne ce conseil basé sur mon expérience et sur des raisons claires :

  • Utiliser la fonction intégrée de Rstudio ne rend pas reproductible l’exportation de votre figure. Oui, il y a un moyen d’extraire ce code. Mais ne vous mentez pas, vous ne le ferez pas.
  • La fonction intégrée permet de choisir la taille et la résolution, mais si vous avez à faire un changement rapide à la figure, il se peut que vous ne vous rappeliez pas les options choisies. Oui, vous pouvez aller les retrouver dans le précédent export de la figure, mais c’est plus lent. Et si quelqu’un d’autre doit le faire, c’est plus compliqué.

« Mais Emilie, que dois-je faire? »

Coder l’export de votre figure, comme toutes les autres actions que vous faites dans R ou Rstudio. Oui, c’est plus long la première fois. Oui, ça nécessitera du taponnage. Mais vous y gagnez pour le futur. Surtout si vous êtes rendu à soumettre le manuscrit qui contient cette figure à un troisième magazine qui demande un format différent!

Pour ce faire, je vous propose la série de fonctions suivantes : pdf(), tiff(), jpeg()… il y en a pour tout les goûts. Votre code final ressemblera à ceci :

>jpeg(file="D:/Documents/Figure1.jpeg", res = 300, width = 1000, height= 1000)
>#La fonction d’écriture de figure
>
>#Suit le code pour le graphique
>Ctot <- c(3.04, 3.20, 3.38, 3.56, 3.74, 3.92, 4.10, 4.28, 4.46, 4.64, 4.82, 5.00, 5.11)
>Ltot <- c(2.54, 2.76, 2.99, 3.19, 3.36, 3.50, 3.62, 3.72, 3.81, 3.89, 3.97, 4.05, 4.10)
>Utot <- c(3.54, 3.64, 3.77, 3.93, 4.12, 4.34, 4.59, 4.85, 5.12, 5.39, 5.67, 5.96, 6.12)
>densit <- c(-1.45, -1, -0.5, 0, 0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.29)
>plot(Ctot~densit, ylab = "% shoots browsed on all species", xlab = "Number of stems", type = "n", ylim = c(0,10))
>lines(densit, Ctot)
>lines(densit, Utot, lty = 2)
>lines(densit, Ltot, lty = 2)
>
>dev.off()
>#Pour indiquer qu’on a terminé la figure!

Pour conclure, certaines personnes utilisent des logiciels d’édition graphique pour manipuler leurs figures après les avoir faits dans R (ajouter du texte dessus, mettre plusieurs figures ensemble). Personnellement, je ne le fais plus, pour les mêmes raisons de reproductibilité et de facilité à changer format, taille, résolution. Oui, c’est parfois long réussir à faire ce que vous voulez dans R. Mais c’est plus payant à long terme.

Avez-vous d’autres astuces? Partagez-les en commentaires ci-dessous! Vous pouvez également exprimer votre désaccord.

Lecture: Le bonobo, Dieu et nous

Les biologistes sont relativement nombreux à s’élancer joyeusement sur le chemin de la réflexion philosophique et spirituelle. Il y a l’athée militant et provocant Richard Dawkins. Durant mon baccalauréat, j’ai lu Le gène égoïste de Dawkins, un livre marquant pour la biologie qui parle de sélection, d’altruisme et de meme (c’est lui qui a créé le mot!). J’ai aussi lu l’un de ses livres sur l’athéisme, à un moment où ça m’a été bien utile. Il y a aussi Cyrille Barrette, qui a été mon professeur et dont j’ai aimé les livres, Miroir du monde et Mystère sans magie. Cyrille a une thèse relativement simple : la science et la religion ne sont pas en opposition, elles ne discutent pas sur le même plan.

La semaine passée, j’ai découvert un autre de ces biologistes qui parle de spiritualité, soit Frans de Waal, avec Le bonobo, Dieu et nous. C’est un livre particulièrement intéressant, où de Waal se place en opposition avec l’athéisme militant de Dawkins. C’est surtout un livre où il contre cette idée que sans religion, il n’y a plus aucune morale. La morale nous viendrait du bas, c’est-à-dire qu’elle serait un produit de l’évolution. Comment? Par le développement de l’empathie, nécessaire à la vie sociale. À travers plusieurs exemples chez les grands singes, chimpanzés et bonobos, mais aussi chez les éléphants, de Waal illustre cette thèse.

La dernière fois que j’avais lu sur l’altruisme, c’est dans Le gène égoïste. Je suis une écologiste, pas éthologue. Les biologistes ont commencé à aborder l’altruisme avec les insectes sociaux. Et ce sont rendu compte que lorsqu’il y a altruisme, il y a un fort partage de gène! Ce que vous seriez prêt à faire pour une sœur, le feriez-vous pour un cousin?  Le livre de de Waal m’a mise à jour sur le sujet et m’a démontré qu’il y a beaucoup plus derrière l’altruisme. Reste que les grands singes (et les humains) sont prêts à aider beaucoup plus un individu qu’ils connaissent et qui fait partie de leur groupe…

C’est un livre dense dont je ne vous ai résumé que quelques points. La thèse développée n’est pas non plus très claire, donc sujette à interprétation!

En version originale :

de Waal, Frans. 2013. The bonobo and the atheist: in search of humanism among the primates. WW Norton & Company.

En français:

de Waal, Frans. 2013. Le bonobo, Dieu et nous: à la recherche de l’humanisme chez les primates. Les liens qui libèrent.

Optimiser ses recherches web

Wow, je ne vous ai jamais parlé d’optimisation des recherches Google ou sur d’autres bases de données… Sincèrement, j’étais sûre de l’avoir fait parce que c’est si pratique et relativement peu connu. Aujourd’hui, je change votre vie.

Par exemple, si j’effectue une recherche sur les « effets associatifs », je vais trouver des articles qui parlent d’effets associatifs et des articles qui utilisent le mot « effets » à un endroit et « associatifs » à un autre. Ces derniers pourraient ne pas du tout être reliés les uns aux autres. Que faire?

  • Je pourrais écrire « effets AND associatifs » (1). En fait, un moteur de recherche comme Google ajoute déjà un AND entre chacun des mots que vous écrivez. Bref, ça n’améliore pas notre situation. Le AND est tout de même pratique et c’est l’opérateur de base.
  • Je pourrais écrire « "effets associatifs"». En ajoutant les guillemets anglais, je dis au moteur que je veux l’expression « effets associatifs ». C’est déjà beaucoup plus intéressant!
  • Je pourrais écrire « "effet* associatif*" ». Le * ou ? est nommé le wildcard. C’est mon opérateur de recherche préféré. Il indique que n’importe quel caractère peut occuper cette position. Par exemple, lorsque j’effectue une recherche sur les herbivores, j’écris « herbivor* », qui pourra correspondre à herbivores, herbivore ou herbivory. C’est particulièrement utile quand un mot a deux graphies, comme c’est souvent le cas pour l’anglais canadien, britannique ou américain (defence ou defense).

D’autres opérateurs existent, notamment le NOT (je ne veux pas le terme suivant) ou le OR qui indique un choix entre deux options.

Et puis, est-ce que votre vie est changée?

(1) Ou ET, sur un moteur de recherche en français

Attention, peut générer une boucle de procrastination

Ça en prend beaucoup pour que je devienne abonnée au blogue de quelqu’un. J’aime surtout les gens qui mélangent l’humour avec une information crédible et bien informée.

Stuff mom never told you, un site-web-blogue-chaine Youtube-podcast entre dans cette catégorie et peut créer une dépendance assez rapidement. Cristen Conger anime de courts vidéos, majoritairement sous le format « question/réponse ». Elle approche ces sujets du point de vue des femmes, mais je crois que tout le monde peut apprécier et profiter de ses vidéos. J’ai de la difficulté à vous en recommander un ou deux…regardez plutôt la chaine Youtube et trouvez une question qui vous allume parmi ses nombreux vidéos !

Dans la catégorie « vidéos sur lesquels procrastiner », The Brain Scoop est une bonne option. Emily Graslie nous parle des musées d’histoire naturelle, de science. Pour toutes les biologistes qui ont fait du terrain, je recommande son excellent vidéo sur la gestion des menstruations en région éloignée (de tout).

Malheureusement, les liens que je vous propose sont en anglais. Avez-vous d’autres blogues/chaines Youtube à me suggérer?

Pas trop quand même, faut que je travaille.

Rennes, caribous et stochasticité environnementale

Vous avez sûrement vu les incroyables images des rennes tués par un éclair. Il faut l’avouer, c’est quand même assez drôle de penser qu’un seul éclair a pu abattre plus de 300 animaux de grande taille.

En fait, c’est un magnifique exemple de stochasticité environnementale (1). Qu’est-ce que la stochasticité environnementale? En fait, c’est un terme utilisé en dynamique des populations, soit l’étude des variations en nombre des populations animales. C’est un domaine d’étude qui vise à prédire combien d’animaux se trouveront dans une population à un moment donné. Pour ce faire, les biologistes utilisent des modèles mathématiques dans lesquels ils ajoutent certaines variables : la survie des animaux, le taux de naissance, etc. Ils ajoutent également des variables aléatoires pour tenir compte d’évènements imprévus. Et voilà la stochasticité environnementale! Des évènements aléatoires qui entrainent la mortalité. La stochasticité environnementale a une particularité intéressante. Ces évènements aléatoires affectent les jeunes et les vieux, les mâles et les femelles, sans distinction.

Dans des populations de dizaines de milliers d’individus, la perte de 323 caribous peut ne pas influencer de façon importante la dynamique de la population. C’est autre chose quand une seule avalanche peut tuer l’entièreté d’un troupeau d’une dizaine d’individus… Un autre évènement stochastique de grande ampleur a eu lieu au Québec en 1984, lorsque 10 000 caribous se sont noyés dans la Caniapiscau (2). Les étudiants de biologie de l'Université Laval ont d'ailleurs fait faire une pierre tombale pour ces caribous. J'essaierai de vous la prendre en photo.

Pour conclure, quelle est la différence entre renne et caribous ? C’est la même espèce, mais l’un est en Eurasie, l’autre en Amérique du Nord. Ils présentent également des différences morphologiques.

(1) Je dois avouer avoir été consulter la page Wikipédia, pour être sûre de ne pas dire de niaiseries !

(2) Merci à Isabelle Schmelzer de me l’avoir signalé!

À savoir, les congés parentaux pour étudiants gradués...

Un petit mot pour vous signaler une information qui me semble être peu connue:

Si vous avez une bourse CRSNG (Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada), vous avez droit à 6 mois de congé parental payé.

Ce qui est moins connu, c'est que si vous recevez une bourse de votre directeur de recherche et que l'argent provient du CRSNG, vous avez également droit à ce congé.

L'apparente simplicité de la biologie

*Vous aimez mon blogue? Pensez à remplir ce sondage ! Merci*

Faisons une expérience. Je vous donne deux titres de thèse de doctorat, et vous me dites laquelle semble la plus complexe:

  1. Étude de la structuration laser femtoseconde multi-échelle de verres d'oxydes dopés à l'argent
  2. Utilisation de l'espace par le raton laveur et la moufette rayée, deux principaux hôtes d'un variant du virus de la rage (1)

Si mon expérience fonctionne comme je le crois (2), vous aurez probablement choisi l'option 1, soit la thèse en physique. Certaines disciplines scientifiques donnent une impression de grande complexité.

La biologie, au contraire, donne une impression de simplicité. Parce que tout le monde a un corps, parce que presque tout le monde expérimente la nature sur une base quotidienne, la biologie a une connexion directe avec les gens. Je le vois tout de suite lorsqu’on me demande ce que j’étudie. Les cerfs, les plantes, c’est cool. Lorsque je donne du sang, j’ai toujours de belles conversations avec infirmières et bénévoles. Et les résultats de nos études sont souvent accessibles :

  • Les ratons laveurs sélectionnent les milieux avec beaucoup de forêts
  • Les ratons laveurs sélectionnent les champs de maïs selon la présence de leurs congénères et selon l’abondance des champs de maïs. (3)

Mais c’est faux. La biologie n’est pas une science simple. C’est la recherche de la mythique aiguille dans la botte de foin. Sauf qu’on ne sait même pas si l’aiguille est dans la botte de foin! Les biologistes tentent de démontrer l’existence d’interactions complexes dans des domaines extrêmement variables. Par exemple, je veux démontrer la relation entre la quantité de protéines dans une plante et le broutement par les cerfs en forêt. Parmi les facteurs qui pourrait faire varier cette relation:

  • Les conditions climatiques, qui par leur impact sur la santé des cerfs influencent leur sélection des plantes.
  • Les conditions climatiques, qui influencent la composition chimique des plantes.
  • Les conditions édaphiques, soient le sol et plein de trucs de même, qui peuvent modifier la croissance et la composition des plantes.
  • La population de cerf présente, qui est différente, génétiquement ou non, d’autres populations de cerf.
  • La densité de la population de cerfs
  • La variation génétique et phénotypique de la population de plante
  • …etc.!

Pour démontrer de telles relations et pour faire face aux contraintes du travail avec du matériel vivant, les biologistes doivent déployer des trésors d’ingéniosité. Et parfois, les résultats ne sont pas au rendez-vous. Ajoutez là-dessus que nous sommes reconnus pour utiliser des méthodes statistiques poussées, même par les statisticiens.

Mon point en vous parlant de ça? Disons que je voulais simplement donner un aperçu de ce qui se passe en coulisse. C’est un privilège que d’effectuer des études qui intéressent le grand public. Biologiste, c’est clairement le meilleur emploi! Mais cette facilité dans la vulgarisation cache une bonne partie de ce que l’on fait.

 (1) J’ai trouvé ces deux titres de thèses parmi celles récemment reçues à l’Université Laval. Celle en biologie est d’Olivia TardyCelle en physique de Marie Vangheluwe.

(2) Les chances sont grandes, j’ai choisi les titres pour obtenir les résultats que je voulais. Je sais, c’est démagogue. Mais c’est mon blogue, bon!

(3) Des résultats encore une fois tirés de la thèse récemment reçue d’Olivia Tardy!

Débugger un code dans R

*Vous aimez mon blogue? Pensez à remplir ce sondage ! Merci*

Ça fait deux semaines environ que j’ai commencé la manipulation de données et les analyses pour mon dernier chapitre de thèse! La majorité de mon énergie consiste donc à écrire des codes dans R, le logiciel statistique, et à déboguer lesdits codes. Je vous ai déjà parlé de comment avoir l’air d’un pro du codage. Voici quelques autres petits trucs que j’utilise lorsqu’il y a quelque chose qui ne fonctionne pas.

1-Le format des variables

Quand une fonction qui habituellement fonctionne, ne fonctionne plus, je commence par vérifier le format de ma variable. En effet, lorsqu’on importe un fichier dans R, R attribue un format à la variable (numérique, facteur, texte…). C’est étonnant (1) le nombre de fois où j’ai essayé de faire une opération mathématique sur une variable enregistrée comme un facteur. Comment savoir sous quel format est la variable? Comment changer ce format?

a <- c(1, 2, 3, 4, 5) #Création d'un simple vecteur
is.factor(a) #Est-ce que mon vecteur est en format facteur?
>[1] FALSE
is.numeric(a) #Est-il en format numérique?
>[1] TRUE
a <- as.factor(a) #Enregitrement du vecteur sous format facteur
is.factor(a)
>[1] TRUE

ATTENTION: Soyez prudent, certaines transformation ne s'effectuent pas aussi facilement! Je viens de m'en rappeler et cette erreur peut-être coûteuse!

2-Retour à la source

Une autre chose qui m’arrive souvent, c’est d’avoir des erreurs dans mon fichier de données qui se répercutent dans les opérations que je tente de faire. Je vous recommande bien sûr de vérifier vos données avant de les analyser, mais l’expérience m’a démontré que même après vérification, il peut rester des erreurs.

3-Une étape à la fois

J’aime bien utiliser les listes dans R et les fonctions comme apply et lapply qui permettent de faire la même opération sur plusieurs vecteurs, colonnes, observations, etc. J’aime aussi écrire des fonctions pour simplifier mon code. Mais je teste toujours étape par étape sur des fichiers exemples. Et quand, malgré tout, il y a un bogue quelque part, je regarde chaque étape, une à la suite de l’autre, pour trouver la solution.

Bon, vous pourriez décider d’éviter toute forme de simplification pour éviter les bogues et erreurs. En soi, c’est une erreur! En plus d’être plus efficace, vous augmenterez vos compétences et comprendrez mieux ce que vous faites. Et c’est amusant (2).

(1) Gênant?

(2) Source : moi.

Un sondage?

Dans un désir d'amélioration continuel (c'est vrai!), j'aimerais bien avoir des informations sur ceux qui me lisent et ce qu'ils aiment lire dans ce blogue. Je serais vraiment heureuse que vous répondiez aux questions suivantes ! Merci pour vos réponses !
 

Vous lisez Carnets de doctorat...
Connaissez-vous personnellement l'auteure de ce blogue?
Qu'aimez-vous le plus dans ce blogue?
Qu'aimeriez-vous lire/voir plus souvent?
Vous êtes...

Préparer sa sortie, étape 1 (le CV!)

« -Après ta rencontre avec le service de placement (1) à propos de ton CV, tu devrais en faire un article de blogue
-Oui, mais je ne suis pas vraiment une experte…

-Pas obligée d’être une experte. »

Bon point Max…voici donc mes conseils/idées concernant un CV pour un emploi en recherche (2). La différence du CV normal? Il contient toute la liste de mes publications et présentations. Bref, il est un peu plus long que l’habituel 2 pages. Allons-y par sections : 

1-Éducation : incluant le titre de mon mémoire de maitrise et de ma thèse.

2-Compétences spécifiques : c’est une section que j’ai ajoutée récemment. Dans un CV pour une demande de bourse, c’est plutôt inutile. Mais pour un emploi, c’est différent. On y retrouve des sous-sections (3) avec une courte description de mes compétences. Il faut, selon moi, adapter cette section à l’emploi auquel on postule.

3-Expérience : les emplois que j’ai occupés. Ici, la conseillère m’a suggéré un petit truc bien pratique. Mon plus récent emploi (auxiliaire d’enseignement) n’est pas le plus pertinent pour le milieu où j’envoie mon CV. J’ai donc divisé cette section en deux, soit a) Expérience en recherche et b) Expérience pertinente en enseignement. Mes expériences les plus pertinentes apparaissent donc en premier. On nous répète sans cesse qu’un CV sera scanné rapidement. Cette tactique augmente les chances que mes expériences les plus pertinentes soient lues.

4-Activités et engagement social : encore une fois, divisée en sous-sections ! Ça aide à décider quoi laisser de côté si cette section est trop remplie ou à mettre en valeur vos engagements plus pertinents pour l’emploi visé.

5-Bourse et prix : n’oubliez pas d’ajouter le montant de ces bourses et prix! Il ne faut pas non plus assumer que la personne qui lire votre CV connait ces prix. Ajoutez donc un pourquoi (p. ex. bourse X pour l’engagement social). Depuis peu, j’inscris le montant total des bourses et non le montant par année. Écrire 60 000$ me semble plus impressionnant que 20 000$/an.

6-Publications et conférences : pourquoi à la fin? C’est une liste longue et plate. En plus, je me présente clairement comme chercheuse dans ma lettre de présentation. L’employeur potentiel sait que j’ai des publications. Il sera parfaitement capable de les trouver. Vous pouvez également utiliser la technique des sous-sections ici.

Avez-vous des trucs particuliers pour vos CV? N’hésitez pas à les partager dans les commentaires!

(1) Outre des rencontres sur rendez-vous, le service de placement de l’Université Laval offre de très pratiques rencontres sans rendez-vous. J’ai beaucoup aimé et je vous le recommande fortement!

(2) Je ne vous répèterai pas les conseils de base qu’on peut trouver partout, comme de commencer par vos expériences plus récentes.

(3) Dans mon cas : recherche, travaux de terrain et laboratoire, informatique et statistique, communication.

Tirer le maximum d'une conférence

Pendant que je jonglais avec l'idée d'écrire un billet sur le réseautage lors des conférences, deux bloggeurs ont écrit des textes bien meilleurs que ce que j'aurais pu faire:

Stephen Heard donne des conseils aux jeunes et vieux schnoques sur comment agir.

Matthew Partridge nous enseigne les deux choses principales qu'il a apprit au sujet des conférences.

Pour ceux qui sont moins à l'aise avec ces textes en anglais, leurs conseils sont simple: arrêtez de vous en faire! Parlez aux chercheurs, même réputés!

Je n'aurais pu mieux dire.

Ce que les femmes veulent

Ma tête tourne depuis mon séjour à St.John’s pour le congrès annuel de la Société Canadienne d’Écologie et d’Évolution (1). C’est que chaque congrès de la SCEE débute avec un symposium pour les femmes entrant dans les carrières en écologie et en évolution. Les quelques présentations visent surtout à donner des trucs, mais aussi à faire l’état de la situation. Cette année, l’ambiance était survoltée et donnait envie de changer les choses. 100 participants, soit près du quart des inscrits au congrès! Et parmi eux, une dizaine d’hommes engagés à changer les choses.

En parallèle, dans un Québec qu’on prétend si égalitaire et avancé, ça fait deux fois qu’on me propose l’idée suivante :

« S’il n’y a pas plus de femmes professeure d’Université, c’est peut-être parce qu’elles ne veulent pas de cette carrière. »

La première fois, je n’ai pas vraiment réagi. L’idée fait trop écho à mon propre désengagement face à la carrière académique. Mais j’ai eu le temps d’y réfléchir et voici ma réponse :

Pardon? Les femmes ne veulent pas de ces postes? Et toutes celles que je côtoie qui le désire? Et ces biologistes si inspirantes que je suis sur Twitter?

Croire que les femmes ne veulent pas de ces carrières, c’est s’aveugler dans un monde où les CV sont jugés selon le genre et où les hommes ont de la difficulté à accepter les preuves scientifiques de tels biais (2). C’est oublier que 71% des femmes interrogées rapportent avoir subi du harcèlement dans leurs travaux de terrain. C’est croire que parce que la situation est meilleure « que avant », il n’y a plus de problème. C’est dire que les femmes ne veulent pas de carrière parce que, on le sait bien, elles préfèrent s’occuper des enfants.

De toute façon, les femmes ne sont pas un bloc monolithique.

Occupez-vous de rendre l’accès à ces postes le plus égalitaire possible et « les femmes » vous diront ce qu’elles veulent elles-mêmes, avec leur propre voix. Et ça vaut pour les personnes de toutes les minorités possibles et inimaginables.

 « Mais comment faire Emilie? »

Je n’ai pas la réponse parfaite, mais j’ai bien l’intention de vous partager mes idées dans les semaines à venir. Et d’ailleurs, je suis ouverte à recevoir vos idées, pour alimenter ma réflexion!

P.S. Avant que vous ne me le disiez, oui, les femmes aussi évaluent différemment les cv d’hommes et les cv de femmes, etc. Généralement en faveur des hommes. Oui, il y a aussi des hommes qui sont harcelés. Est-ce que ça change le fait qu’il y ait des problèmes de discrimination au sein des institutions? Non, ça change la façon de régler les problèmes.

(1) J’adore les congrès de la SCEE! Un bon mélange de science, de réseautage et de pur plaisir.

(2) J’ai choisi de vous citer des blogues plutôt que des articles pour la facilité de lecture. Mais ces blogues ont des liens vers les articles scientifiques.

Est-ce que les départements de biologie canadiens sont égalitaires?

Pour mon propre plaisir (...), j'ai recensé les départements de biologie pour connaitre le nombre d'hommes et de femmes professeur-chercheurs. En tant que scientifique, j'avais envie de voir les chiffres. Et voici les résultats sous forme d'infographie! Je vous invite à la consulter en anglais et je compte bien la commenter dans la prochaine semaine.

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Conservation et souffrance humaine

Partout dans le monde, des biologistes étudient et contribuent à la conservation de différentes espèces. Sauf que parfois, les humains qui habitent les mêmes milieux vivent dans des conditions déplorables. Comment justifier les fonds placés dans la conservation d’espèces animales ou végétales lorsque des humains sont dans le besoin? (1)

La rainette faux-grillon, nouveau sujet de discorde provincial-fédéral, est un exemple bénin de ce genre de conflit. On arrête le développement résidentiel pour sauver une grenouille minuscule. L’emphase sur la taille de la grenouille n’est pas de moi, mais bien des médias qui n’arrêtent pas de nous répéter combien petite est cette grenouille pour en souligner l’insignifiance (?). Plus dramatiquement, on peut penser à la recherche sur les grands herbivores et prédateurs africains. Plus près de nous? Des millions de dollars sont investis dans la recherche sur les caribous au Canada pendant que des conditions du tiers-monde prévalent dans les réserves autochtones et les villages inuits.

Je répète donc ma question: comment justifier la recherche et la conservation dans ce contexte?

Tout d’abord, je répondrai que le bon fonctionnement d’un écosystème (2) repose sur les espèces qui le composent. Certaines ont des rôles plus importants que d’autres, mais il est dur de prévoir les répercussions de la disparition d’un des membres de l’écosystème (3). Nous, les humains, faisons partie des écosystèmes et l’utilisons. Nous ne pouvons tout simplement pas vivre sans, d’où l’importance de le préserver. D’ailleurs, la conservation ne peut pas attendre que tous les problèmes humains aient été réglés. Une fois que tous les Québécois en CHSLD auront plus d’un bain par semaine, le caribou forestier sera probablement disparu. Et on ne pourra pas le ramener.

De plus, on m’a suggéré que ce problème est un de privation relative. Ce n’est pas parce que les petits enfants en Éthiopie manquent de nourriture que vous devriez complètement finir votre assiette. Ce n’est pas parce que les réfugiés syriens vivent l’enfer que vous ne devriez pas être malheureux. Ce n’est pas parce que des gens souffrent qu’on ne devrait rien faire pour la conservation d’espèces animales et végétales.

Il me reste un malaise. Le sort des humains qui souffre me touche plus que celui de la rainette, même si j’approuve les décrets pour sa conservation. Qu’en pensez-vous?

(1) Ce sujet m’a été inspiré par Asia Murphy une biologiste qui étudie des interactions animales à Madagascar. Je vous suggère de la suivre et de regarder la conversation que j’ai générée suite à sa question.

(2) Un écosystème, c’est l’ensemble des organismes d’un milieu ainsi que leur environnement physique. Oui, je sais, c’est vague.

(3) L’extirpation des loups en Amérique du Nord a permis l’augmentation des populations de cervidés et donc nuit à la régénération de plusieurs espèces végétales. L’impact des loups sur la végétation, vous y auriez pensé?

Après le doctorat, que ferai-je?

Dernièrement, je vous ai parlé du point d’orgue du doctorat, la soutenance de la thèse. Ça m’a rappelé qu’il y a une certaine confusion autour de la finalité. Bien des membres de ma famille et de mes amis avaient (ont?) l’idée que je serai un jour professeure d’université.

Hum. Comment vous dire ça? Non, je ne serai pas professeure.

Qu’est-ce que ça prend pour être un professeur de biologie universitaire?

Des postdoctorats, de la détermination et de la chance. Le milieu actuel est saturé et les professeurs d’université ne partent pratiquement jamais à la retraite! Lorsqu’un poste est annoncé, il faut avoir un dossier compétitif, normalement avec beaucoup de publications scientifiques. Pour réussir cela, il n’y a pas 36 millions de façons. Les postes de chercheurs postdoctoraux sont en fait des postes de chercheurs sous la supervision d’un autre chercheur. Habituellement, ces postes permettent de développer ses capacités comme chercheur.

Ben, fait en un, postdoctorat!

Idéalement, il faudrait que je le fasse à l’étranger, histoire de développer mon réseau, mes connaissances, etc. Et je n’ai pas envie de m’expatrier. J’ai un immense respect pour ceux qui le font, mais mes priorités sont ailleurs. Je pourrais toujours effectuer un postdoctorat sans déménager ou en restant à proximité, mais c’est sûr que ça se répercute sur la qualité de mon CV lorsqu’un rare poste de professeur sera annoncé. C’est sûr qu’être une femme est un avantage parce que les départements de biologie du Québec et d'ailleurs sont encore un boys club et doivent engager plus de femmes dans les prochaines années (1), mais il faut quand même avoir un excellent dossier!

En plus, décider d’être professeur-chercheur, c’est gros! La conciliation travail-famille reste médiocre dans le domaine. En plus, le milieu est compétitif. Sans fermer complètement la porte, je ne me sens pas très attirée. Bientôt, le milieu devra changer pour retenir les jeunes qui n’accepteront plus ces conditions de travail (j’espère). Je sais, je sais, intégrer le système peut aider à amener les changements. Mais on choisit tous ses combats…

OK, donc que feras-tu après ton doctorat?

…Je peux répondre à ça un autre jour ?

(1) Un de ces jours, je sortirai des statistiques. C’est gênant.