En bref: Combien de chiffres?

Je suis en processus d’extraction de données d’articles scientifiques. Quand ça va bien, les données sont présentées sous forme de tableau et je peux donc facilement les retranscrire. Parfois, la vie m’aime moins et les données sont emprisonnées dans des figures.

Pour extraire ces données, j’utilise un logiciel en ligne génial. Ce logiciel me donne la valeur des points sur un graphique, mais avec une myriade de chiffres après la virgule. D’instinct, le scientifique préfère plein de chiffres après la virgule. Cette mesure nous semble plus précise [1].

 L'interface du logiciel avec le graphique et les données à extraire. Le point rouge correspond à la donnée que je demande au logiciel de me fournir.

L'interface du logiciel avec le graphique et les données à extraire. Le point rouge correspond à la donnée que je demande au logiciel de me fournir.

 Et voilà, la valeur du point!

Et voilà, la valeur du point!

Sauf que dans le cas qui nous occupe, je n’ai pas le droit d’utiliser tout ces chiffres après la virgule. Les chiffres après la virgule proviennent de la capacité du logiciel à mesurer précisément l’emplacement du point sur le graphique. Mais les données que j’en extrait ne peuvent pas être plus précises que les données brutes. Si les données brutes sont des centimètres parce que l’instrument utilisé n’était pas plus précis, je ne peux pas inventer les millimètres à l’aide du logiciel d’extraction de données.

« Très intéressant Emilie, mais je ne fais pas de méta-analyse, cette information m’est inutile »

Vraiment? Vous n’avez jamais utilisé Excel pour faire une opération simple (multiplication, soustraction)? Et oui, même problème.

D’ailleurs, combien de chiffres après la virgule devrait-on rapporter? Au Cégep, j’ai appris que c’était lié à la précision de l’instrument utilisé. Mais quant est-il lorsque l’on parle de statistiques?

Mon codirecteur de doctorat m’a appris à rapporter le dernier chiffre incertain. Par exemple :

  • Une moyenne de 1 avec une variance de 1 : 1 ± 1
  • Une moyenne de 1 avec une variance de 0.1 : 1.0 ± 0.1
  • Une moyenne de 1 avec une variance de 0.01 : 1.00 ± 0.01

J’espère que je ne me suis pas emmêlée les pattes dans mes explications. N’hésitez pas à me contredire ou à me corriger dans les commentaires.

[1] Pour une définition de la différence entre précision et exactitude dans une mesure, je vous suggère ce site, pas très beau, mais pratique.

Microagressions: des stratégies pour agir

Oui, je suis encore en vie, mais c’est l’été et en plus d’un horaire particulièrement chargé, je dois m’amuser et me reposer. Je me suis également dit que vous aviez peut-être autre chose à faire que lire mon blogue. Et si je dois absolument me trouver une autre excuse, j’attendais également qu’un sujet intéressant vienne à moi (1).

Le voici, le voilà : comment réagir aux microagressions (2). Ok, j’en entends déjà: ah non, encore un truc social compliqué, on ne peut plus rien dire. Je vous promets que ce ne sera pas compliqué, mais je ne peux pas promettre que ça ne changera pas votre vision de la vie.

Que sont les microagressions? Ce sont des comportements ou des paroles qui démontrent une attitude hostile ou négative, qui rappellent à la personne agressée qu’elle ne fait pas partie du groupe dominant. Par exemple :

  • C’est se faire demander de gérer les crises d’un groupe parce qu’en tant que femme, on comprends mieux les émotions
  • C’est se faire dire « Toi, tu es ingénieure? Surprenant! » parce qu’on est une femme noire
  • C’est voir fréquemment des photos de femmes dénudées dans des conférences scientifiques, sans raison
  • C’est se faire raconter des jokes sexistes et racistes, mais tsé, « c’est juste des blagues ».

Ce n’est pas tous les jours qu’on a quelqu’un en coulisse, ou dans un soupirail, pour nous suggérer une réplique satisfaisante qui cloue le bec à l’adverse : « Vous ne pouvez pas être un légume, même les artichauts ont du cœur » (3). Le Dr. Amy Moors propose trois actions et deux attitudes à adopter pour répondre à une microagression. Et ne vous gênez pas, ce sont des actions qu’un allié (c’est-à-dire une personne non-agressée) peut appliquer :

  1. Poser des questions, honnêtement. Ouvrez un dialogue et il est possible que la personne réalise d’elle-même que ce qu’elle dit n’a pas de sens.
    « Pourquoi penses-tu que je ne ressemble pas à une scientifique? »
  2. Utiliser le « je ». Un bon vieux classique des relations de couple, qui permet de référer à nos sentiments et à comment on perçoit la situation. C’est un point de vu auquel le « microagresseur » n’aura peut-être pas pensé.
  3. Demander au « microagresseur » de voir la situation d’un autre point de vue.
  4. Éviter de blamer le « microagresseur ». Dire à quelqu’un qu’il est raciste fait rarement évoluer la situation, à moins d’avoir affaire à un individu d’une maturité exceptionnelle.
  5. Éviter l’humour, parce que ça peut se retourner contre vous. C’est le seul conseil sur lequel j’ai une expérience personnelle. En plus de pouvoir se retourner contre vous, l’humour est généralement mal interprété, c’est-à-dire qu’il donne l’impression que la microagression est un évènement mineur et de peu d’importance. Pour la personne qui subit, c’est peu satisfaisant et je sais d’expérience que ça n’arrête pas les microagressions. C’est quasiment une récompense pour la personne qui se voit plus ou moins conforté dans son comportement.

Lors de l’atelier SWEEET où j’ai appris tout cela, on a fait quelques mises en situation. C’est très difficile d’intervenir! Je me sens toutefois mieux outillée maintenant pour le faire.

Avez-vous d’autres suggestions? Ou est-ce que vous considérez que parler de microagressions est trop politically correct?

(1)    En fait, ce n’est pas le seul qui est venu, mais le deuxième demande un peu plus de préparation et de recherche…

(2)    Ce sujet est inspiré d’un atelier au SWEEET de la conférence de la Société Canadienne d’Écologie et d’Évolution, qui s’est tenu à Guelp en Juillet. L’atelier était donné par Amy Moors (Ph.D., Twitter : @ACMoors)

(3)    Le fabuleux destin d’Amélie Poulain. Quoiqu’en fait, la réplique n’est pas idéale puisqu’elle fait appel à l’humour.

Je me suis fait scooper, mais ce n'est pas si pire

Ça fait presque trois semaines que j’ai envie d’aborder un problème qui m’est récemment arrivé. Bien innocemment, une collègue m’a fourni l’inspiration nécessaire (1).

Et oui, je me suis fait scooper. C’est-à-dire qu’un article très similaire à ce que j’étais en train d’écrire a été publié par quelqu’un d’autre. Et cet autre article est très bon. Pendant un moment, j’ai cru que mon travail des derniers mois était à jeter à la poubelle. Comme mon travail est une revue de littérature systématique, basée sur des articles publiés, la ressemblance avec mon projet est grande.

Comble de malchance, je me suis cogné le gros orteil tellement fort que je vais perdre mon ongle. Bon, si vous m’avez vu, vous savez que ce n’est pas si pire et je vous promet d’arrêter de geindre. Mais cette conjoncture d’évènements malheureux ainsi qu’une remarque m’ont porté à réfléchir…quel évènement m’a affecté le plus négativement ? C’est le temps d’un tableau comparatif ! (2)

 Un tableau comparatif très sérieux

Un tableau comparatif très sérieux

Je pourrais continuer, mais non. Mon message ici est simple. Se faire scooper, c’est ennuyeux, mais ça ne détruit pas une vie professionnelle. Vous êtes capable de vous en sortir. Dans 1 ans, cet article sera probablement publié et mon ongle sera toujours en train de pousser. En fait, un scoop, c’est une belle opportunité pour améliorer sa recherche, peut-être même pour générer de nouvelles collaboration. Et ça reste que ce n’est que du travail. À choisir entre les deux, je choisi sans hésiter le scoop (4).

(1)    Merci Patricia!

(2)    Je suis capable d’en faire d’excellents

(3)    Internet dit que c’est plus rapide, mais une source sûre m’assure que c’est plus long, et qu’à mon âge, mon ongle ne sera plus jamais pareil. Je ne me savais pas si vieille.

(4)    Si j’avais réellement le choix, je ne prendrais aucun des deux évènements. Mais je n’ai pas vraiment le choix.

Les passions connexes

Depuis quelque temps, j’ai constamment de la terre sous mes ongles. Non, ce n’est pas parce que j’ai une hygiène déficiente ou parce que je m’alimente de terre. C’est plutôt un signe que c’est la saison des semis et que mon potager est officiellement ouvert !

 Quelques uns de mes semis

Quelques uns de mes semis

Des premières graines plantées en mars jusqu’aux dernières déposées à l’extérieur, en passant par le repiquage des semis, ma passion pour le jardinage ne fait que grandir. J’ai commencé lorsque nous avons acheté notre maison, il y a quelques années. Parmi les biologistes, je connais plusieurs passionnés de jardinage. C’est assez logique que l’étude de la vie soit liée à l’amour du jardinage, comme à l’appréciation du camping, des randonnées en nature ou de l’observation d’animaux. C’est ce que j’appelle des passions connexes, soit des passe-temps liés à l’activité professionnelle, mais qui permettent tout de même de décrocher.

Les passions connexes ne sont pas meilleures ou plus pertinentes que d’autres passe-temps. L’essentiel est d’avoir quelque chose qui permet de se vider l’esprit. Je dirais même plusieurs choses. Instinctivement, je trouve dangereux de n’avoir qu’un seul centre d’intérêt, puisque si on n’est plus capable d’exercer ce loisir, on se retrouve dans un grand vide.

Les passions connexes ont toutefois cet attrait qu’elles nous permettent de reconnecter avec notre intérêt initial. Entre les articles à écrire, les demandes de subventions et les analyses statistiques, j’ai parfois l’impression d’oublier pourquoi je suis une biologiste. Les deux mains dans la terre, je retrouve mes yeux d’enfants.

Le jardinage revêt également, selon moi, deux autres aspects intéressants, outre celui de manger ce que l’on a produit. Premièrement, c’est une activité facile à introduire aux enfants. Pour ceux qui cherchent à les intéresser au milieu scientifique ou à tout le moins à la nature, c’est une belle porte d’entrée. C’est ce que j’ai découvert avec ma nièce de trois ans, une gourmande qui aime planter des pois et des radis avec son grand-père. Si vous cherchez d’autres idées à ce sujet, je vous conseille de consulter ce précédent billet, et surtout les commentaires, où des lecteurs ont également partagé leurs idées pour intéresser les enfants à la science.

 Pas mal beau potager...hein?

Pas mal beau potager...hein?

Deuxièmement, le jardinage me permet d’apprivoiser l’échec, une chose avec laquelle j’ai toujours eu une relation difficile. Peu importe la quantité de temps à travailler sur ces graines, ces semis et ce potager, il se peut que la production soit faible ou inexistante pour certains légumes. Je peux faire certaines choses pour prévenir l’échec de certaines plantations, mais je ne suis pas toute puissante… et ce n’est pas grave, parce que ça demeure, avant tout, un loisir.

J'ai enfin compris GitHub

Ça fait longtemps que GitHub m’intrigue. Les internets disent que c’est génial et essentiel pour le scientifique moderne. J’ai essayé d’apprendre par moi-même. J’ai rapidement déchanté : toute la documentation que je trouvais m’étais incompréhensible. C’est comme si on me parlait en binaire.

Heureusement, le dernier colloque du Centre d’étude de la Forêt offrait une série de formations dont une demi-journée à propos de GitHub. Je me suis inscrite rapidement, croyant que nous serions des dizaines d’intéressés. Nous étions quatre dans la salle, ce qui est un excellent ratio professeur-élève. Vous pouvez trouver la formation faite par François Rousseu ici, en anglais. En plus d’intégrer GitHub à R Studio, vous apprendrez comment réaliser un package. Je ne veux pas vous résumer la formation, mais plutôt vous dire pourquoi vous devriez la suivre et pourquoi vous devriez utiliser GitHub.

GitHub, c’est quoi? C’est une plateforme qui permet (principalement) le contrôle de version. Le contrôle de version, c’est le suivi des changements effectués dans un document. Cette plateforme a d’autres avantages, comme effectuer une copie de sauvegarde de vos documents, permettre de travailler sur plusieurs ordinateurs, faciliter la collaboration et le partage d’information. Vous l’aurez peut-être compris, on est ici dans le domaine de la programmation, notamment dans des logiciels statistiques comme R.

Pourquoi utiliser GitHub? Ça devrait être assez clair au vu des avantages. Vous avez une copie de sauvegarde de votre code! Vous pouvez retourner à une version antérieure! Vous pouvez facilement partager votre code!

Est-ce difficile à utiliser? Honnêtement, non. Si vous utilisez R Studio (un logiciel qui rend R plus agréable à utiliser), l’utilisation de GitHub est conviviale, une fois l’installation faite. La plateforme Web de GitHub est également simple d’utilisation, une fois que l’on a compris les différentes définitions (repository, commit…tout est dans la formation de François!). Je crois qu’avec un peu d’aide, un débutant pourrait apprivoiser cette bête.

Est-ce qu’il y a des points négatifs? Si vous travaillez sur quelque chose de top secret, la version gratuite de GitHub ne permet pas la confidentialité. Tant que vous ne placez pas vos données en ligne, je crois que c’est un problème mineur. L’utilisation de GitHub rajoute une étape à faire lorsque vous travaillez sur votre code…au vu des avantages, je ne crois pas que ce soit un problème, surtout que l’intégration à R Studio rend cette étape rapide.

Allez lecteur! Lance-toi dans GitHub!

C'est quoi, Ouranos?

Cette semaine, j’ai eu plein d’idées pour mon blogue, mais elles étaient toutes négatives. On dirait que j’avais envie de chialer (1). J’ai décidé d’être positive, surtout que je suis en visite aux bureaux d’Ouranos, partenaire dans mon stage postdoctoral Mitacs. Et ça a été une très belle visite, pleine d’apprentissage et d’idées.

J’ai donc eu envie de vous présenter Ouranos, qui est encore mal connu du public (il me semble). Il est fort probable que vous ayez entendu parler de cette organisation dans les médias. Selon leur site web, Ouranos est un « Consortium sur la climatologie régionale et l'adaptation aux changements climatiques ». C’est aussi un « Pôle d'innovation et lieu de concertation permettant à la société québécoise de mieux s'adapter à l'évolution du climat ».

Je ne sais pas pour vous, mais ces définitions, bien que juste, me semblent un peu abstraites. Ouranos, c’est un regroupement de chercheurs sur le climat et l’adaptation aux changements climatiques. Ce qui veut dire qu’on y fait des simulations climatiques et qu’on y crée des scénarios climatiques. Le plus intéressant pour la majorité seront les scénarios climatiques. En gros, ce sont des données utilisables, basées sur plusieurs modèles climatiques. Par exemple, vous êtes en charge de la construction d’une structure (par exemple un immeuble) au bord de la mer. Vous désirez que la structure puisse résister aux marées actuelles, mais également à la hausse du niveau des mers liées aux changements climatiques. Vous avez donc besoin de connaitre le niveau de la mer projeté dans le futur.

Ouranos a également un volet sur l’adaptation, dans lequel s’inscrit mon projet actuel. Quelles sont les mesures que l’on peut prendre pour préparer notre société aux changements climatiques? De plus, une synthèse (publiée en 2015) résume l’évolution climatique du Québec, l’adaptation et les vulnérabilités ainsi que la mise en œuvre des mesures d’adaptation.

Mon côté chauvin est particulièrement fier qu’on ait, au Québec, un tel centre d’expertise. Ce n’est pas donné à tous les scientifiques de pouvoir avoir des données climatiques d’une telle qualité pour leurs sites d’études. Juste d’y penser, je me sens déjà plus positive.

(1)    Chialer contre les Universités qui considèrent les post-doctorants comme étudiants, contre le système qui mets des bâtons dans les roues à la vie personnelle des post-doctorants, contre les Universités, qui demandent des prêts aux étudiants.

 

Dessine-moi un scientifique

Vous avez sûrement entendu parler de cette étude sur les dessins d’enfants et les scientifiques [1]. En gros, on demande à des enfants de dessiner un scientifique. Il y a 50 ans, 0.3% de ces dessins représentaient des femmes. Maintenant, 30% des dessins représentent des femmes.

Le verre peut être vu comme à moitié plein, ou à moitié vide… j’ai tendance à le voir à moitié vide pour une raison : les filles ne dessinent même pas majoritairement des femmes. Et les garçons ne dessinent pratiquement pas de femmes scientifiques.

La représentation est importante. Est-ce que je peux dire quelque chose de plus évident? Lorsqu’on se reconnait dans un modèle, on a plus de chance de vouloir reproduire ce modèle. La représentation, ça passe par le milieu, l’école, la culture populaire… et clairement, la représentation des scientifiques n’est pas encore assez diversifiée.

Je pourrais continuer à être négative, mais j’ai envie de vous parler d’un magnifique exemple de représentation. Il y a quelques mois, j’ai été obsédée par le jeu Horizon : Zero Dawn. On y incarne Aloy, une orpheline dans un monde post-apocalyptique qui se bat à coup de lance et d’arc contre des robots aux allures de méga-faune (Prémisse absolument géniale). Rajoutons là-dessus que les personnages sont diversifiés, que la quête principale est intriguante et que certaines quêtes sont originales par rapport à ce que les grands studios de jeux vidéos nous ont habitué [2].

 Capture d'image du jeu tiré de https://www.digitaltrends.com/game-reviews/horizon-zero-dawn-review/

Capture d'image du jeu tiré de https://www.digitaltrends.com/game-reviews/horizon-zero-dawn-review/

Le personnage d’Elizabeth Sobeck m’a particulièrement touché. Cette scientifique est très intelligente et ses idées ont sauvé l’humanité. C’est une leader, qui a dirigé une grande équipe de scientifiques. Plus que tout, elle apporte une vision altruiste et humaine de la science, mais elle est quand même capable de prendre des décisions éthiquement complexes pour la survie de tous.

Elizabeth Sobeck est un exemple de représentation positive des scientifiques et surtout des femmes scientifiques. Pourquoi n’a-t-on pas plus de personnage de ce type dans notre culture populaire?

[1] Par de nombreux médias francophones et anglophones:

https://www.cnn.com/2018/03/20/health/female-scientists-kids-drawings-trnd/index.html

https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2018/03/20/only-3-in-10-children-asked-to-draw-a-scientist-drew-a-woman-but-thats-more-than-ever/?utm_term=.ff673e8e0946

http://www.sciencemag.org/news/2018/03/what-does-scientist-look-children-are-drawing-women-more-ever

http://www.sciencepresse.qc.ca/actualite/2018/03/22/plait-dessine-moi-scientifique

[2] Notamment une quête sur la réconciliation entre deux peuples, dont l’un a massacré l’autre… ça vous évoque quelque chose?

Moi et les preprints... l'histoire d'une rupture

*Tu lis ceci en arrivant de Facebook? Fais moi plaisir pour ma fête...abonne-toi à la page de Carnets de doctorat*

J’aime bien que les bottines suivent les babines, habituellement (1). Mais dans le domaine de rendre ma recherche plus accessible, je suis en situation d’échec. Oui, j’ai plusieurs articles publiés en libre accès, mais mes données ne sont pas accessibles.

En plus, j’ai expliqué dans ce blogue même que la mise en ligne d’un manuscrit avant sa publication et avant la révision par les pairs (un preprint), est une bonne pratique pour le libre accès et qu’elle a ses avantages. J’ai fait un preprint, mais pour les quatre autres manuscrits de mon doctorat…rien.

Pourquoi? Il y a quelques raisons:

1-La paresse. Même si mettre en ligne le manuscrit au même moment que je soumets l’article à une revue est vraiment simple, c’est une étape supplémentaire. Soyons honnêtes, ça a pesé dans la balance.

2-Le manque de bénéfices. La mise en ligne du manuscrit lié à ma méta-analyse venait à un moment où je n’avais aucune publication à ce sujet. Ce preprint m’a donc permis de connecter avec certains chercheurs. Maintenant, je suis un peu plus établie (2) et l’intérêt est donc moindre. En plus, mes autres articles se basant sur des données originales, j’avais moins peur de me faire devancer par quelqu’un d’autre. Finalement, je n’ai reçu aucun commentaire sur mon preprint. Je sais que des gens l’ont lu, mais il n’y a pas eu de rétroactions intéressantes. Bref, le doute face aux bénéfices possibles m'a fait négliger le preprint.

3-La difficulté d’expliquer l’intérêt à mes coauteurs. Malgré une bonne ouverture d'esprit, mes coauteurs sont à différents stades dans leur carrière et avaient un intérêt moindre pour le libre accès. Être toujours en train de demander et d’expliquer, ça finit par fatiguer.

4-Le besoin de finir mon doctorat. J’ai mis mon énergie dans mon doctorat, tout simplement. C'est aussi une assez mauvaise raison, parce que la mise en ligne d'un preprint est vraiment simple.

Vais-je essayer de faire des preprints à l’avenir? Oui, mais je suis dans un nouveau milieu avec de nouveaux collaborateurs. On verra si je saurai les convaincre! L’expérience n’est pas pour moi un échec, mais je ne sais pas si les preprints sont réellement une solution aux problèmes de l'édition scientifique.

(1)   En anglais on dit : « put your money where your mouth is »…

(2)   Ça semble présomptueux, mais c’est quand même vrai. Preuve : j’ai révisé des articles dans mon domaine.

Définir le succès

Récemment, je vous ai communiqué les résultats de ma très peu scientifique étude sur l’état de la situation des diplômés en biologie. La semaine passée, j’ai discuté du choix de partir ou non pour un postdoctorant.

Ces deux billets ont amené plusieurs discussions sur Facebook (1) et m’ont surtout amené à réfléchir à la notion de succès, c’est-à-dire la réussite professionnelle. Qu’est-ce que le succès suite à des études graduées? Une chose est sûre : les définitions sont multiples et il n’y a pas de bonne réponse. N’empêche qu’on mesure le succès des autres à l’aune de notre définition personnelle. De plus, notre niveau de satisfaction professionnelle dépendra aussi de cette définition.

Pour moi, je crois que c’est de trouver un emploi dans son domaine d’intérêt. Une diplomée en biologie et qui a un emploi, c’est bon, elle a réussi! Je base cette définition sur ma connaissance du marché de l’emploi dans mon domaine et donc sur ce que mes anciens collègues de classe m’ont rapporté. Comme j’ai l’impression que les emplois permanents sont rare, cette donnée n’entre pas dans ma définition. C’est certain qu’une permanence augmente le niveau de satisfaction (dans ma vision), mais on est pas un raté ou une personne en difficulté parce que l’emploi n’est pas permanent. C’est un bonus la permanence, la cerise sur le gâteau.

Naturellement, j’ai tendance à penser qu’une personne qui travaille dans un autre domaine que son domaine d’étude a échoué. Par contre, plusieurs personnes décident de quitter le domaine de leur étude pour relever de nouveaux défis. Bref, je fais souvent erreur.

Pour certains, un docteur en biologie qui n’a pas de poste universitaire, c’est un échec. Pour d’autres, la réussite doit inclure la reconnaissance professionnelle, la performance dans son domaine ou l’équilibre entre la vie professionnelle et personnelle… La mesure de la réussite varie selon qu’on commence ou qu’on est établi dans son domaine.

Et vous, quels sont les critères qui font que vous considérer que quelqu’un a réussi dans son domaine?

(1) Merci de partager et de discuter de ce que j’écris! Ne vous gênez pas pour le faire directement sur le blogue.

Tu pars ou tu restes?

Plusieurs lectures récentes m’ont amené à réfléchir, de nouveau, sur mes choix et sur la situation bien particulière des scientifiques. Dans le monde académique actuel, et c’est le cas depuis plusieurs décennies, on s’attends à des déplacements, c’est-à-dire qu’un chercheur devrait changer d’université entre son baccalauréat et sa maitrise, entre la maitrise et le doctorat, entre le doctorat et le postdoctorat et etc.

Il y a plusieurs avantages à ces déplacements : création de contact, immersion dans un autre domaine de recherche, dans d’autres méthodes, dans d’autres cultures. La pratique créerait de meilleurs chercheurs. Je lis présentement un livre sur les femmes récipiendaires de prix Nobel en science (1) où les déménagements sont une trame de fond persistente.

Ce n’est pas le choix que j’ai fait et bien que j’en sois heureuse, je ne peux m’empêcher de le remettre en question : est-ce que c’est de la paresse, de la lâcheté? Suis-je une chercheuse de bon calibre si je reste dans ma ville natale? Je ne me demande pas à être rassurée. J’ai simplement envie de partager mes remises en questions et à lever le voile sur la pression que certains, comme moi, ressentent.

Il y a également un paradigme à remettre en question. Les gens qui se déplacent de ville en ville et même de pays en pays sont souvent des privilégiés qui ont les moyens monétaires de déménager, ce qui contribue à maintenir nos laboratoires très blancs et peu diversifiés. Contrairement à d’autres emplois, des allocations de déplacements ne sont pas disponibles pour des postdoctorants! Outre les problèmes de races et classe sociale, on doit souligner la difficulté à s’expatrier lorsqu'on a une famille et un partenaire qui a sa propre carrière.

Dans un milieu où la communication est facilitée par l’internet et où l’on désire une plus grande diversité, ne pourrait-il pas y avoir de la place pour tout le monde? Je crois qu’on devrait concentrer notre jugement sur la qualité du travail d’un chercheur. Idéalement, on devrait appuyer monétairement ceux qui déménagement pour la science et s’assurer d’accompagner leur famille. J’admire beaucoup ceux qui font ce choix. J’aimerais juste qu’on de dénigre pas ceux qui ne le font pas.

(1)    Je vous reparlerai probablement de cette lecture

Mon réseau: un exercice de visualisation

Avez-vous envie de visualiser votre réseau de coauteurs? Ou, plus simplement, avez-vous envie de prendre quelques minutes de procrastination? Je vous suggère de produire ceci:

ResearchNetwork.png

Un réseau de tous mes coauteurs d'articles publiés! (1) L'auteur du code R nécessaire pour produire la figure, Pablo Barbera, décrit comment faire sur GitHub. Comme j'ai simplement copié-collé son oeuvre, je ne reproduirai pas son code ici. En fait, la seule difficulté que j'ai rencontré est de trouver mon identifiant Google Scholar. Pour cela, il faut aller dans votre profil (en haut, à gauche sur la page de Google Scholar). Votre identifiant se trouve dans l'URL, juste après "user=". Bref, tout simple à réaliser!

(1) Pour l'instant, Google Scholar ne tient pas compte de celui-ci

Comment ça va? Trouver une job en biologie

*Mise à jour: dans ce billet, je veux principalement parler de personnes ayant complété une maîtrise ou un doctorat. Pour le baccalauréat, je n'ai aucune idée de ce qui se passe. Je tiens aussi à dire que ma vision positive n'est pas partagée par tous et qu'elle est personnelle...je vous encourage à commenter pour en discuter!

Quand j’ai commencé à travailler cet automne, je n’ai pas eu tant de difficulté à trouver un contrat pour quelques mois. En plus, plusieurs amis et connaissances semblent trouver du travail relativement facilement. Je voulais vérifier si ces impressions concordaient avec la situation réelle de l’emploi en biologie. Avant Noël, j’ai donc lancé un appel à tous pour savoir comment les biologistes ayant gradué récemment allait (professionnellement parlant). J’ai hésité longtemps sur comment traiter les témoignages reçus…j’ai pensé faire un podcast-rencontre pour creuser plus profondément le sujet, mais il faut me rendre à l’évidence : je ne trouve pas le temps (1). Aujourd’hui, je vais donc vous résumer les témoignages reçus. Manque de chance, ou de publicité, seulement sept personnes ont répondu à mon sondage, donc mes conclusions seront très limitées. Mais merci à tous ceux ayant participé!

  • Des sept personnes qui m’ont répondu, toutes ont trouvé un emploi moins de 6 mois après la fin de leurs études. En fait, deux ont trouvé un emploi tout de suite à la fin de leurs études et quatre ont trouvé un emploi avant leur dépôt final;
  • La majorité ont trouvé leur emploi via un contact ou un ami (2);
  • Quatre d’entre eux n’ont pas trouvé la recherche d’emploi facile;
  • La majorité d’entre eux trouvent que l’emploi qu’ils occupent correspond aux attentes développées dans leurs études;
  • Le qualificatif « stimulant » revient souvent pour décrire leur milieu de travail;
  • La quasi-totalité d’entre eux ferait des études graduées, si le choix était à refaire.

Je dirais donc que ces quelques témoignages confirment la vision majoritairement positive de l’emploi en biologie. Bref, amis étudiants, relaxez un peu. Ça va aller! Comme mentionné dans un des témoignage : « Il ne manque pas de travail dans ce domaine, à mon avis. ».

Je vous laisse sur certains conseils donnés par ces biologistes :

« Choisir un projet et un domaine de recherche qui vous passionne, et non faire le choix d'un domaine « bon pour avoir une job » »;

« Trouve ta passion et prend toutes tes décisions en fonction d'elle »;

« Se trouver un vrai bon directeur de recherche, selon moi, c'est la base »;

« Ne pas se décourager, c'est difficile trouver un emploi, mais il y en a pour ceux qui cherche activement »;

« Si tu veux travailler en bio, tu es mieux d'aimer ça être assis devant un ordinateur » (3);

 « J'ai eu les opportunités d'emploi en rencontrant des gens à l'extérieur du monde académique.. Alors restez humain et vivre ses hobbies/passions, restez ouverts au monde et ne vous fermez pas à des opportunités »

(1)    Pour être encore plus honnête, disons que je ne prends pas le temps

(2)    C’était mon cas également. CRÉEZ-VOUS UN RÉSEAU!

(3)    Vrai.

Des mots, des mots et des mots

Je vous ai déjà avoué que je ne pense pas que la vulgarisation scientifique devrait être une obligation pour tous les scientifiques. https://carnets-de-doctorat.squarespace.com/blog/14/11/2016/quand-la-vulgarisation-scientifique-nest-pas-votre-tasse-de-th Ce gazouillis (1) m’a amené à prendre position sur le jargon scientifique/vocabulaire technique:

Les choix de réponses sont douteux, mais non, je ne pense pas que les articles scientifiques devraient être expurgés des termes techniques. Ce n’est pas une question d’aimer ou non ce vocabulaire, mais plutôt de comprendre sa raison d’être et la raison d’être des articles scientifiques.

Les articles scientifiques s’adressent à qui? Il y a une dizaine d’année, je crois que la réponse aurait fait consensus : ils s’adressent à d’autres chercheurs du même domaine, pour les informer de résultats et d’idées qui pourrait influencer la recherche. Le mouvement du libre accès semble avoir amené une certaine confusion autour du public visé par les articles. Certains réclament le libre accès à tous les articles pour les scientifiques (ce qui me semble logique), d’autres incluent dans leur réclamation le grand public. L’argument suivant est fréquemment utilisé :

La recherche est financé par les gouvernements, donc par les payeurs de taxes et d’impôts, donc toute la société doit avoir accès à la science.

D’accord. Mais est-ce que ça implique de rendre les articles plus accessibles pour que le grand public puisse les comprendre? Selon moi, c’est aller à l’encontre de leur objectif premier de communication entre chercheurs. L’article scientifique, dans sa forme actuelle avec son vocabulaire technique, communique de la façon la plus brève possible des informations complexes. Le scientifique averti sait bien qu’un herbivore brouteur n’est pas un herbivore paisseur (et je simplifie en traduisant les termes). Dans un article scientifique, le choix des mots peut être le sujet de bien des discussions entre les coauteurs, avec les réviseurs et avec l’éditeur. Il n’est pas pris à la légère, parce que ces mots réfèrent à des concepts précis qui n’ont pas de synonymes. Oui, comprendre un article scientifique requière un apprentissage, mais ce n’est qu’une des nombreuses compétences qu’apprendra un étudiant au baccalauréat, à la maitrise ou au doctorat.

Pour la vulgarisation scientifique, plusieurs forum plus pertinents existent : les blogues, les chaînes Youtube, les magazines scientifiques…

Bref, laissez moi donc dire des choses incompréhensibles dans mes articles!

(1)    Traduction Radio-Canadienne de tweet. J’écrirais bien tweet, mais ça sonne souvent bien trop comme twit, insulte québécoise typique des cours de récréation des années 90.

Que peut-on montrer? L'écologie à l'ère des réseaux sociaux

Dire qu’on est biologiste, ça passe pratiquement toujours bien. Les « non-biologistes » sont, en général, intéressés par la nature, les animaux, les fleurs et les abeilles. Et plusieurs écologistes partagent de jolies photos des animaux qu’ils étudient, des lieux qu’ils visitent.

Mais la biologie et en particulier l’écologie, ce n’est pas toujours propre. On ramasse des fèces, synonyme racé pour désigner de la merde, dans tellement de projets. On abat volontairement ou accidentellement des animaux et on récolte des parties de carcasses (1). Les laboratoires de biologie puent, littéralement.

J’ai un ami dont le projet de maîtrise consistait à mesurer les différentes sections du système digestif des cerfs de Virginie. Je vous laisse imaginer.

Le sujet de mon billet d’aujourd’hui est justement la question suivante : doit-on laisser les activités scientifiques à la merci de l’imagination du grand public ? Les départements de biologie sont parfois frileux sur les photos et les vidéos que peuvent partager les chercheurs et étudiants-chercheurs. La crainte est souvent les groupes de protection des animaux, qui semblent ignorer le processus complexe d’autorisation derrière les projets scientifiques. Pour moi, c’est simple : comment protéger ce qu’on ne connait pas ? Et pour avoir rempli des demandes de certificat de bons soins, je sais que l’évaluation des demandes est rigoureuse et est faite par un comité qui n’est pas que constitué de scientifiques.

Certaines personnes ou institutions osent. C’est le cas d’un programme de recherche sur les cerfs :

C’est aussi le cas du Field Museum, où Emily Graslie (2) du Brain Scoop nous montre toutes sortes de choses. L’autre jour, j’ai écouté une dissection de castor en direct.

J’aimerais qu’on soit moins frileux ici et qu’on fasse plus confiance à l’intelligence du public. J’ai l’impression qu’en cachant une partie de nos activités, on donne un chèque en blanc aux groupes qui les dénoncent, car ce qui se déroule derrière des portes closes est souvent douteux.

(1)   Avant de vous indigner, rappelons que les scientifiques sont astreints à l’obtention d’un certificat de bons soins et que tous les projets sont évalués par un comité éthique. Je ne connais pas de biologistes qui tuent un animal pour le plaisir.

(2)   Je l’adore. Je veux être Emily Graslie quand je serai grande, même si elle est plus jeune que moi.

L'autocitation, un problème exagéré? La réflexion du vendredi

Le milieu académique est considéré comme un milieu compétitif où la valeur se mesure aux nombres de publications et au nombre de citations de ces publications. Dans ce contexte, on ne sera pas surpris que citer ses publications précédentes soit avantageux, d’autant plus qu’on augmente ainsi sa visibilité. Cette pratique est appelée en anglais self-citation… traduisons là par l’autocitation.

Parce qu’elle est associée à l’autopromotion, l’autocitation est généralement mal perçue. Et les réviseurs anonymes proposant d’ajouter des références sont souvent soupçonnés, à tort ou à raison, d’être les auteurs desdites références.

Mais l’autocitation, est-ce nécessairement mal ? J’ai plutôt tendance à considérer que ça indique que ces chercheurs ont beaucoup contribué au domaine et que leurs travaux actuels se basent sur les apprentissages précédents. C’est sûr qu’il peut y avoir de l’abus, mais si la référence est appropriée, il ne faudrait tout de même pas s’empêcher de se citer !

Mon article de maitrise a été cité dans quatre articles scientifiques, dont trois par des gens de mon groupe de recherche. Certains auteurs sont sur chacun de ces articles. Autopromotion abusive ou simple indication de la connexion entre les différents projets ?

Le Scientific American aborde la question avec des chiffres. On y apprends notamment (grosse surprise) que plus un article a de coauteurs, plus il sera autocité et que le taux de citation d’un article par ses auteurs est plus élevé dans les deux premières années suivant la publication de cet article.

Au final, le problème n’est-il pas, une fois encore, dans la façon dont on mesure la qualité de la recherche ? Vous en pensez quoi ?

Témoignages recherchés!

Bonjour tout le monde!

J'ai eu une idée un peu folle et j'ai besoin de votre collaboration. Je cherche des témoignages de gradués en biologie (maitrise, doctorat) qui ont terminé entre 2015 et 2017. J'aimerais partir de vos expériences pour créer quelque chose d'inspirant.
Comment m'aider?

  1. Remplir le formulaire, si vous avez terminé vos études en 2015, 2016 ou 2017.
  2. Partagez et ciblez les gens de votre entourage qui pourraient être intéressés!

Merci à tous !

Madame Post-IT

Nouvel emploi, nouveau surnom ? On dirait que je suis en train d’obtenir le titre (prestigieux ?) de madame Post-it. Bon, j’ai toujours aimé ces petites notes autocollantes, particulièrement lorsqu’elles sont de couleur fluo, mais c’est mon tableau de bord qui inspire ce surnom.

Vous souvenez-vous du tableau de bord que mon directeur avait instauré pour chacun de ses étudiants ? Sur les murs de son bureau, on inscrivait sur des notes les étapes et évènements à venir, on décomposait les grands objectifs en petites tâches. Un peu comme une liste de tâches à cocher, mais avec une visualisation de leur répartition temporelle. Dans mon nouveau bureau, aux murs de vitre, j’ai mis le tableau derrière moi et tout le monde qui circule dans ce secteur peut le voir. En rose et bleu, ça a un certain effet.

Avec moi, la technique du tableau de bord fonctionne très bien. Ça me permet de diminuer mon stress face à l’atteinte de mes objectifs et ça me permet de prioriser les tâches urgentes. Dans le contexte actuel de mon travail, c’est particulièrement utile :

•    La date de remise du rapport est bientôt et la durée du projet était courte

•    La tâche est assez imposante et se divise en plusieurs étapes

Mon superviseur immédiat aime bien le tableau. Comme il voit les tâches accomplies, il voit la progression du projet. Je réfère également au tableau dans nos rencontres pour lui signaler quand j’aurai besoin de sa contribution.

Mais bon, les tableaux de bord ne seront jamais appréciés par tous. Certaines personnes les trouvent trop contraignants, à la limite stressants. Je crois qu’ils ont tort, mais j’imagine que c’est une différence de caractère fondamentale (1). Il faut dire que pour certains, trop d’organisation semble suspect...

Quand même, avouez que je vous donne envie d’essayer !

(1) Je n’ai jamais passé une nuit à travailler sur un travail scolaire pour le lendemain. Jamais.

Ce que rien faire m'a appris

Ces deux dernières semaines ont été complètement folles. J'ai entamé un petit contrat pour une firme privée. Je commence à peine à m'habituer aux semaines de 37 heures et demie. Heureusement pour moi, je peux marcher pour aller au travail (1).

Mais avant de commencer ce contrat, j'ai eu un plus ou moins long moment à ne rien faire. Le doctorat était fini, j'attendais après des révisions d'articles (j'attends toujours) et mon prochain projet ne pouvait pas débuter à cause de tracas administratifs (pas encore réglés). Ça aurait pu être des vacances. Ça m'a en fait rendue assez malheureuse. Je ne suis pas habituée à ne rien faire. Sans être la fille aux dix mille projets, c'est assez rare que je ne fasse rien. Sans objectifs définis, on dirait que j'ai perdu mes repères. Je ne pense pas que j'aurai pu en parler ici avant que cette étape soit terminée, parce que je n'aurais pas su quoi dire. Maintenant, je vois un peu mieux mes erreurs et je trouve des solutions. Voyons donc ce que j'ai fait tout croche...

Je ne me suis pas laissé de vrai temps de repos

À cause de différentes obligations, je suis revenue rapidement au bureau après ma soutenance. Une semaine de vacances, ce n'était pas assez pour laisser toutes ces émotions décanter. Je crois que j'aurais dû me laisser un peu plus de temps et prendre le temps de réfléchir sérieusement à mes prochains objectifs. Non pas que je n'y ai jamais réfléchi. Et la vie ne change pas du jour au lendemain après la soutenance (2). Mais j'aurai pu prendre un peu plus de temps pour mettre par écrit mes objectifs de carrière, comment je vais y arriver et comment ce que je prépare actuellement contribue à ces objectifs.

Je me suis trouvé des projets pour remplir le temps, mais...

...mais ils n'étaient pas assez motivants ou ils dépendaient d'autres personnes. Lire des livres ou des articles scientifiques, ce n'est pas ce qui motive quelqu'un à se lever le matin. Pas plus que travailler un peu sur un projet pour attendre un mois la suite... Dans mon état de désœuvrement, j'ai voulu faire une demande de bourse, pour une bourse que je ne pense pas utiliser (3). Ça non plus ce n'est pas motivant. J'ai fini par avancer un peu dans chacun de ces projets, mais pas de façon satisfaisante, et ce, surtout à cause de mon erreur suivante.

J'ai repris le même horaire du lundi au vendredi

Même si mon horaire de doctorante était assez relax (lundi au vendredi, 8h30 à 16h), c'était trop de temps pour les projets personnels que j'avais. J'aurais dû décider d'un horaire allégé, mais durant lequel j'aurais réellement travaillé. C'est une mauvaise habitude que d'être devant son bureau sans travailler. On crée une espèce d'habitude de procrastination dans un lieu qui devrait être dédié à la productivité. En réduisant mon temps au bureau, j'aurais eu des journées remplies et qui dit journée remplie, dit sentiment d'accomplissement à la fin de la journée. Il ne faut pas négliger cette satisfaction.

J'ai perdu confiance

Je me suis mise à douter de moi, en tant que scientifique. On a facilement l'impression que tous les scientifiques ont des projets personnels ou sont extrêmement motivés à lire plein d'articles scientifiques ou ont tous le temps de nouvelles idées à explorer. Ce n'est pas le cas pour tout le monde. La preuve? Ce n'est pas le cas pour moi et je suis une vraie scientifique! Heureusement, j'ai eu quelques mots d'encouragement pour me rappeler que je ne suis pas la seule à avoir vécu une pause, surtout après la fin d'un doctorat. Ça m'a permis de remonter la pente et je suis pas mal plus confiante en ce moment.

J'espère vous éviter les mêmes écueils en vous partageant cette réflexion très personnelle.

(1)   On m'a un jour dit qu'habiter près de son travail est le secret du bonheur. C'EST VRAI.

(2)   Sauf que...un bon sujet de blogue ça!!!

(3)   Ben, je l'aurais utilisé un jour, mais je ne crois pas que j'aurais pu la reporter assez longtemps...

Lorsque les plantes répliquent

J’aime beaucoup aller en camping, mais il y a deux choses qui me rebutent: les tiques et l’herbe à la puce (1). Les tiques, en tant qu’acariens, ça m’intéresse assez peu. Par contre, qu’est-ce qui fait que l’herbe à la puce déclenche des réactions chez ceux qui la touchent? Comme je m’intéresse plus intensément depuis quelque temps aux composés de défense des plantes, j’aimerais bien savoir quel type de composé est impliqué. En effet, il existe des millions de composés impliqués dans la défense contre les herbivores chez les plantes. Plusieurs d’entre eux ne sont même pas encore identifiés, mais on peut toutefois les regrouper dans quelques grandes familles.

 Herbe à la puce, photo de http://espacepourlavie.ca/herbe-la-puce

Herbe à la puce, photo de http://espacepourlavie.ca/herbe-la-puce

Le gouvernement du Québec a une fiche au sujet de l’herbe à la puce : «L’herbe à la puce cause une douloureuse inflammation de la peau appelée dermatite à Rhus. Elle apparaît généralement de 24 à 48 heures après le contact avec le toxicodendrol. Cette résine huileuse qui contient l’urushiol,un allergène puissant. »

Le coupable serait donc l’urushiol! Cette fiche ne me dit toutefois pas à quelle famille de composés de défense l’urushiol appartient. L’Encyclopédie Britannica indique que c’est un phénol et je dois avouer avoir un faible pour les phénols.

Les phénols regroupent plus de 10,000 composés, synthétisés de façon extrêmement diverse. Ce n’est donc pas un groupe homogène ni ayant une même origine métabolique. Ils sont caractérisés par un anneau de carbone où est attaché un groupe –OH (oxygène et hydrogène). Fin de la parenthèse chimique, mes connaissances à ce sujet sont mineures. Certains phénols sont activés par la lumière, les furanocoumarins. Eh oui, ce sont les composés qui sont responsables des brûlures causées par la berce du Caucase, une plante envahissante.

Certains phénols sont plus sympathiques. Il y a la lignine, qui contribue aux structures solides des plantes, mais qui est indigeste et est donc également un composé de défense. Il y a également les tannins, que les amateurs de vin apprécient et qui ont plusieurs utilités en santé humaine. Les tannins sont des composés de défense, car ils diminuent la digestion des protéines en allant se lier à ces dernières. Les ruminants ont généralement des protéines anti-tannin dans leur salive. C’est la course aux armements dans cette guerre millénaire entre plantes et herbivores…

Pour les informations sur les phénols, j’ai consulté les livres suivants :

Rosenthal, G.A. & Berenbaum, M. 1991. Herbivores, their interactions with secondary plant metabolites. Tome I. 2e édition. Academic Press, San Diego, USA.

Taiz, L. & Zeiger, E. 2002. Plant physiology. 3e édition. Sinauer Associates, Inc., Publishers, Sunderland, USA.

(1) Le nom officiel serait herbe à la puce??? J’ai toujours dit herbe à puces…et même, j’ai tendance à utiliser le nom anglais, assez poétique : Poison Ivy. Il faut dire que la première fois où j’ai été en contact avec le poison ivy était en Ontario. Je n’ai pas contre jamais eu de dermatite.