À savoir, les congés parentaux pour étudiants gradués...

Un petit mot pour vous signaler une information qui me semble être peu connue:

Si vous avez une bourse CRSNG (Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada), vous avez droit à 6 mois de congé parental payé.

Ce qui est moins connu, c'est que si vous recevez une bourse de votre directeur de recherche et que l'argent provient du CRSNG, vous avez également droit à ce congé.

L'apparente simplicité de la biologie

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Faisons une expérience. Je vous donne deux titres de thèse de doctorat, et vous me dites laquelle semble la plus complexe:

  1. Étude de la structuration laser femtoseconde multi-échelle de verres d'oxydes dopés à l'argent
  2. Utilisation de l'espace par le raton laveur et la moufette rayée, deux principaux hôtes d'un variant du virus de la rage (1)

Si mon expérience fonctionne comme je le crois (2), vous aurez probablement choisi l'option 1, soit la thèse en physique. Certaines disciplines scientifiques donnent une impression de grande complexité.

La biologie, au contraire, donne une impression de simplicité. Parce que tout le monde a un corps, parce que presque tout le monde expérimente la nature sur une base quotidienne, la biologie a une connexion directe avec les gens. Je le vois tout de suite lorsqu’on me demande ce que j’étudie. Les cerfs, les plantes, c’est cool. Lorsque je donne du sang, j’ai toujours de belles conversations avec infirmières et bénévoles. Et les résultats de nos études sont souvent accessibles :

  • Les ratons laveurs sélectionnent les milieux avec beaucoup de forêts
  • Les ratons laveurs sélectionnent les champs de maïs selon la présence de leurs congénères et selon l’abondance des champs de maïs. (3)

Mais c’est faux. La biologie n’est pas une science simple. C’est la recherche de la mythique aiguille dans la botte de foin. Sauf qu’on ne sait même pas si l’aiguille est dans la botte de foin! Les biologistes tentent de démontrer l’existence d’interactions complexes dans des domaines extrêmement variables. Par exemple, je veux démontrer la relation entre la quantité de protéines dans une plante et le broutement par les cerfs en forêt. Parmi les facteurs qui pourrait faire varier cette relation:

  • Les conditions climatiques, qui par leur impact sur la santé des cerfs influencent leur sélection des plantes.
  • Les conditions climatiques, qui influencent la composition chimique des plantes.
  • Les conditions édaphiques, soient le sol et plein de trucs de même, qui peuvent modifier la croissance et la composition des plantes.
  • La population de cerf présente, qui est différente, génétiquement ou non, d’autres populations de cerf.
  • La densité de la population de cerfs
  • La variation génétique et phénotypique de la population de plante
  • …etc.!

Pour démontrer de telles relations et pour faire face aux contraintes du travail avec du matériel vivant, les biologistes doivent déployer des trésors d’ingéniosité. Et parfois, les résultats ne sont pas au rendez-vous. Ajoutez là-dessus que nous sommes reconnus pour utiliser des méthodes statistiques poussées, même par les statisticiens.

Mon point en vous parlant de ça? Disons que je voulais simplement donner un aperçu de ce qui se passe en coulisse. C’est un privilège que d’effectuer des études qui intéressent le grand public. Biologiste, c’est clairement le meilleur emploi! Mais cette facilité dans la vulgarisation cache une bonne partie de ce que l’on fait.

 (1) J’ai trouvé ces deux titres de thèses parmi celles récemment reçues à l’Université Laval. Celle en biologie est d’Olivia TardyCelle en physique de Marie Vangheluwe.

(2) Les chances sont grandes, j’ai choisi les titres pour obtenir les résultats que je voulais. Je sais, c’est démagogue. Mais c’est mon blogue, bon!

(3) Des résultats encore une fois tirés de la thèse récemment reçue d’Olivia Tardy!

Débugger un code dans R

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Ça fait deux semaines environ que j’ai commencé la manipulation de données et les analyses pour mon dernier chapitre de thèse! La majorité de mon énergie consiste donc à écrire des codes dans R, le logiciel statistique, et à déboguer lesdits codes. Je vous ai déjà parlé de comment avoir l’air d’un pro du codage. Voici quelques autres petits trucs que j’utilise lorsqu’il y a quelque chose qui ne fonctionne pas.

1-Le format des variables

Quand une fonction qui habituellement fonctionne, ne fonctionne plus, je commence par vérifier le format de ma variable. En effet, lorsqu’on importe un fichier dans R, R attribue un format à la variable (numérique, facteur, texte…). C’est étonnant (1) le nombre de fois où j’ai essayé de faire une opération mathématique sur une variable enregistrée comme un facteur. Comment savoir sous quel format est la variable? Comment changer ce format?

a <- c(1, 2, 3, 4, 5) #Création d'un simple vecteur
is.factor(a) #Est-ce que mon vecteur est en format facteur?
>[1] FALSE
is.numeric(a) #Est-il en format numérique?
>[1] TRUE
a <- as.factor(a) #Enregitrement du vecteur sous format facteur
is.factor(a)
>[1] TRUE

ATTENTION: Soyez prudent, certaines transformation ne s'effectuent pas aussi facilement! Je viens de m'en rappeler et cette erreur peut-être coûteuse!

2-Retour à la source

Une autre chose qui m’arrive souvent, c’est d’avoir des erreurs dans mon fichier de données qui se répercutent dans les opérations que je tente de faire. Je vous recommande bien sûr de vérifier vos données avant de les analyser, mais l’expérience m’a démontré que même après vérification, il peut rester des erreurs.

3-Une étape à la fois

J’aime bien utiliser les listes dans R et les fonctions comme apply et lapply qui permettent de faire la même opération sur plusieurs vecteurs, colonnes, observations, etc. J’aime aussi écrire des fonctions pour simplifier mon code. Mais je teste toujours étape par étape sur des fichiers exemples. Et quand, malgré tout, il y a un bogue quelque part, je regarde chaque étape, une à la suite de l’autre, pour trouver la solution.

Bon, vous pourriez décider d’éviter toute forme de simplification pour éviter les bogues et erreurs. En soi, c’est une erreur! En plus d’être plus efficace, vous augmenterez vos compétences et comprendrez mieux ce que vous faites. Et c’est amusant (2).

(1) Gênant?

(2) Source : moi.

Un sondage?

Dans un désir d'amélioration continuel (c'est vrai!), j'aimerais bien avoir des informations sur ceux qui me lisent et ce qu'ils aiment lire dans ce blogue. Je serais vraiment heureuse que vous répondiez aux questions suivantes ! Merci pour vos réponses !
 

Vous lisez Carnets de doctorat...
Connaissez-vous personnellement l'auteure de ce blogue?
Qu'aimez-vous le plus dans ce blogue?
Qu'aimeriez-vous lire/voir plus souvent?
Vous êtes...

Préparer sa sortie, étape 1 (le CV!)

« -Après ta rencontre avec le service de placement (1) à propos de ton CV, tu devrais en faire un article de blogue
-Oui, mais je ne suis pas vraiment une experte…

-Pas obligée d’être une experte. »

Bon point Max…voici donc mes conseils/idées concernant un CV pour un emploi en recherche (2). La différence du CV normal? Il contient toute la liste de mes publications et présentations. Bref, il est un peu plus long que l’habituel 2 pages. Allons-y par sections : 

1-Éducation : incluant le titre de mon mémoire de maitrise et de ma thèse.

2-Compétences spécifiques : c’est une section que j’ai ajoutée récemment. Dans un CV pour une demande de bourse, c’est plutôt inutile. Mais pour un emploi, c’est différent. On y retrouve des sous-sections (3) avec une courte description de mes compétences. Il faut, selon moi, adapter cette section à l’emploi auquel on postule.

3-Expérience : les emplois que j’ai occupés. Ici, la conseillère m’a suggéré un petit truc bien pratique. Mon plus récent emploi (auxiliaire d’enseignement) n’est pas le plus pertinent pour le milieu où j’envoie mon CV. J’ai donc divisé cette section en deux, soit a) Expérience en recherche et b) Expérience pertinente en enseignement. Mes expériences les plus pertinentes apparaissent donc en premier. On nous répète sans cesse qu’un CV sera scanné rapidement. Cette tactique augmente les chances que mes expériences les plus pertinentes soient lues.

4-Activités et engagement social : encore une fois, divisée en sous-sections ! Ça aide à décider quoi laisser de côté si cette section est trop remplie ou à mettre en valeur vos engagements plus pertinents pour l’emploi visé.

5-Bourse et prix : n’oubliez pas d’ajouter le montant de ces bourses et prix! Il ne faut pas non plus assumer que la personne qui lire votre CV connait ces prix. Ajoutez donc un pourquoi (p. ex. bourse X pour l’engagement social). Depuis peu, j’inscris le montant total des bourses et non le montant par année. Écrire 60 000$ me semble plus impressionnant que 20 000$/an.

6-Publications et conférences : pourquoi à la fin? C’est une liste longue et plate. En plus, je me présente clairement comme chercheuse dans ma lettre de présentation. L’employeur potentiel sait que j’ai des publications. Il sera parfaitement capable de les trouver. Vous pouvez également utiliser la technique des sous-sections ici.

Avez-vous des trucs particuliers pour vos CV? N’hésitez pas à les partager dans les commentaires!

(1) Outre des rencontres sur rendez-vous, le service de placement de l’Université Laval offre de très pratiques rencontres sans rendez-vous. J’ai beaucoup aimé et je vous le recommande fortement!

(2) Je ne vous répèterai pas les conseils de base qu’on peut trouver partout, comme de commencer par vos expériences plus récentes.

(3) Dans mon cas : recherche, travaux de terrain et laboratoire, informatique et statistique, communication.

Tirer le maximum d'une conférence

Pendant que je jonglais avec l'idée d'écrire un billet sur le réseautage lors des conférences, deux bloggeurs ont écrit des textes bien meilleurs que ce que j'aurais pu faire:

Stephen Heard donne des conseils aux jeunes et vieux schnoques sur comment agir.

Matthew Partridge nous enseigne les deux choses principales qu'il a apprit au sujet des conférences.

Pour ceux qui sont moins à l'aise avec ces textes en anglais, leurs conseils sont simple: arrêtez de vous en faire! Parlez aux chercheurs, même réputés!

Je n'aurais pu mieux dire.

Ce que les femmes veulent

Ma tête tourne depuis mon séjour à St.John’s pour le congrès annuel de la Société Canadienne d’Écologie et d’Évolution (1). C’est que chaque congrès de la SCEE débute avec un symposium pour les femmes entrant dans les carrières en écologie et en évolution. Les quelques présentations visent surtout à donner des trucs, mais aussi à faire l’état de la situation. Cette année, l’ambiance était survoltée et donnait envie de changer les choses. 100 participants, soit près du quart des inscrits au congrès! Et parmi eux, une dizaine d’hommes engagés à changer les choses.

En parallèle, dans un Québec qu’on prétend si égalitaire et avancé, ça fait deux fois qu’on me propose l’idée suivante :

« S’il n’y a pas plus de femmes professeure d’Université, c’est peut-être parce qu’elles ne veulent pas de cette carrière. »

La première fois, je n’ai pas vraiment réagi. L’idée fait trop écho à mon propre désengagement face à la carrière académique. Mais j’ai eu le temps d’y réfléchir et voici ma réponse :

Pardon? Les femmes ne veulent pas de ces postes? Et toutes celles que je côtoie qui le désire? Et ces biologistes si inspirantes que je suis sur Twitter?

Croire que les femmes ne veulent pas de ces carrières, c’est s’aveugler dans un monde où les CV sont jugés selon le genre et où les hommes ont de la difficulté à accepter les preuves scientifiques de tels biais (2). C’est oublier que 71% des femmes interrogées rapportent avoir subi du harcèlement dans leurs travaux de terrain. C’est croire que parce que la situation est meilleure « que avant », il n’y a plus de problème. C’est dire que les femmes ne veulent pas de carrière parce que, on le sait bien, elles préfèrent s’occuper des enfants.

De toute façon, les femmes ne sont pas un bloc monolithique.

Occupez-vous de rendre l’accès à ces postes le plus égalitaire possible et « les femmes » vous diront ce qu’elles veulent elles-mêmes, avec leur propre voix. Et ça vaut pour les personnes de toutes les minorités possibles et inimaginables.

 « Mais comment faire Emilie? »

Je n’ai pas la réponse parfaite, mais j’ai bien l’intention de vous partager mes idées dans les semaines à venir. Et d’ailleurs, je suis ouverte à recevoir vos idées, pour alimenter ma réflexion!

P.S. Avant que vous ne me le disiez, oui, les femmes aussi évaluent différemment les cv d’hommes et les cv de femmes, etc. Généralement en faveur des hommes. Oui, il y a aussi des hommes qui sont harcelés. Est-ce que ça change le fait qu’il y ait des problèmes de discrimination au sein des institutions? Non, ça change la façon de régler les problèmes.

(1) J’adore les congrès de la SCEE! Un bon mélange de science, de réseautage et de pur plaisir.

(2) J’ai choisi de vous citer des blogues plutôt que des articles pour la facilité de lecture. Mais ces blogues ont des liens vers les articles scientifiques.

Est-ce que les départements de biologie canadiens sont égalitaires?

Pour mon propre plaisir (...), j'ai recensé les départements de biologie pour connaitre le nombre d'hommes et de femmes professeur-chercheurs. En tant que scientifique, j'avais envie de voir les chiffres. Et voici les résultats sous forme d'infographie! Je vous invite à la consulter en anglais et je compte bien la commenter dans la prochaine semaine.

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Conservation et souffrance humaine

Partout dans le monde, des biologistes étudient et contribuent à la conservation de différentes espèces. Sauf que parfois, les humains qui habitent les mêmes milieux vivent dans des conditions déplorables. Comment justifier les fonds placés dans la conservation d’espèces animales ou végétales lorsque des humains sont dans le besoin? (1)

La rainette faux-grillon, nouveau sujet de discorde provincial-fédéral, est un exemple bénin de ce genre de conflit. On arrête le développement résidentiel pour sauver une grenouille minuscule. L’emphase sur la taille de la grenouille n’est pas de moi, mais bien des médias qui n’arrêtent pas de nous répéter combien petite est cette grenouille pour en souligner l’insignifiance (?). Plus dramatiquement, on peut penser à la recherche sur les grands herbivores et prédateurs africains. Plus près de nous? Des millions de dollars sont investis dans la recherche sur les caribous au Canada pendant que des conditions du tiers-monde prévalent dans les réserves autochtones et les villages inuits.

Je répète donc ma question: comment justifier la recherche et la conservation dans ce contexte?

Tout d’abord, je répondrai que le bon fonctionnement d’un écosystème (2) repose sur les espèces qui le composent. Certaines ont des rôles plus importants que d’autres, mais il est dur de prévoir les répercussions de la disparition d’un des membres de l’écosystème (3). Nous, les humains, faisons partie des écosystèmes et l’utilisons. Nous ne pouvons tout simplement pas vivre sans, d’où l’importance de le préserver. D’ailleurs, la conservation ne peut pas attendre que tous les problèmes humains aient été réglés. Une fois que tous les Québécois en CHSLD auront plus d’un bain par semaine, le caribou forestier sera probablement disparu. Et on ne pourra pas le ramener.

De plus, on m’a suggéré que ce problème est un de privation relative. Ce n’est pas parce que les petits enfants en Éthiopie manquent de nourriture que vous devriez complètement finir votre assiette. Ce n’est pas parce que les réfugiés syriens vivent l’enfer que vous ne devriez pas être malheureux. Ce n’est pas parce que des gens souffrent qu’on ne devrait rien faire pour la conservation d’espèces animales et végétales.

Il me reste un malaise. Le sort des humains qui souffre me touche plus que celui de la rainette, même si j’approuve les décrets pour sa conservation. Qu’en pensez-vous?

(1) Ce sujet m’a été inspiré par Asia Murphy une biologiste qui étudie des interactions animales à Madagascar. Je vous suggère de la suivre et de regarder la conversation que j’ai générée suite à sa question.

(2) Un écosystème, c’est l’ensemble des organismes d’un milieu ainsi que leur environnement physique. Oui, je sais, c’est vague.

(3) L’extirpation des loups en Amérique du Nord a permis l’augmentation des populations de cervidés et donc nuit à la régénération de plusieurs espèces végétales. L’impact des loups sur la végétation, vous y auriez pensé?

Après le doctorat, que ferai-je?

Dernièrement, je vous ai parlé du point d’orgue du doctorat, la soutenance de la thèse. Ça m’a rappelé qu’il y a une certaine confusion autour de la finalité. Bien des membres de ma famille et de mes amis avaient (ont?) l’idée que je serai un jour professeure d’université.

Hum. Comment vous dire ça? Non, je ne serai pas professeure.

Qu’est-ce que ça prend pour être un professeur de biologie universitaire?

Des postdoctorats, de la détermination et de la chance. Le milieu actuel est saturé et les professeurs d’université ne partent pratiquement jamais à la retraite! Lorsqu’un poste est annoncé, il faut avoir un dossier compétitif, normalement avec beaucoup de publications scientifiques. Pour réussir cela, il n’y a pas 36 millions de façons. Les postes de chercheurs postdoctoraux sont en fait des postes de chercheurs sous la supervision d’un autre chercheur. Habituellement, ces postes permettent de développer ses capacités comme chercheur.

Ben, fait en un, postdoctorat!

Idéalement, il faudrait que je le fasse à l’étranger, histoire de développer mon réseau, mes connaissances, etc. Et je n’ai pas envie de m’expatrier. J’ai un immense respect pour ceux qui le font, mais mes priorités sont ailleurs. Je pourrais toujours effectuer un postdoctorat sans déménager ou en restant à proximité, mais c’est sûr que ça se répercute sur la qualité de mon CV lorsqu’un rare poste de professeur sera annoncé. C’est sûr qu’être une femme est un avantage parce que les départements de biologie du Québec et d'ailleurs sont encore un boys club et doivent engager plus de femmes dans les prochaines années (1), mais il faut quand même avoir un excellent dossier!

En plus, décider d’être professeur-chercheur, c’est gros! La conciliation travail-famille reste médiocre dans le domaine. En plus, le milieu est compétitif. Sans fermer complètement la porte, je ne me sens pas très attirée. Bientôt, le milieu devra changer pour retenir les jeunes qui n’accepteront plus ces conditions de travail (j’espère). Je sais, je sais, intégrer le système peut aider à amener les changements. Mais on choisit tous ses combats…

OK, donc que feras-tu après ton doctorat?

…Je peux répondre à ça un autre jour ?

(1) Un de ces jours, je sortirai des statistiques. C’est gênant.

Défendre sa thèse

Cette semaine, dans mon labo, il y a deux soutenances de thèse. C’est assez excitant! En plus, dans un an (je l’espère), ce sera mon tour! Sauf que je me rends compte qu’en dehors du milieu académique, on ne sait pas trop c’est quoi une soutenance (1). Bref, qu’est-ce qu’une soutenance de thèse?

L’avant-soutenance

Une thèse comprend plusieurs chapitres, ainsi qu’une introduction et une conclusion générale. Une fois qu’elle est complétée (2), elle est envoyée à un comité d’expert. Au département de biologie de l’Université Laval, ce comité est généralement constitué du directeur et du codirecteur (s’il y a lieu), d’un ou deux autres professeurs du département et d’un expert externe. L’externe, comme on l’appelle, peut être un chercheur universitaire ou gouvernemental. L’important, c’est qu’il soit complètement indépendant du projet de doctorat. Le comité relit le document, complète un rapport qui est remis à l’étudiant au doctorat et confirme que l’étudiant peut défendre sa thèse.

La soutenance

Encore là, je vous décris la soutenance telle qu’elle se vit à mon département. Mais généralement, ça se déroule de la même façon dans beaucoup d’autres universités et pays (3). La soutenance est ouverte au public (famille, amis, collègues). Le défendeur fait une présentation de son doctorat d’environ 30 minutes. Après, chaque examinateur a droit à un premier tour de question, puis un deuxième. C’est généralement assez long (2h). Les examinateurs vont remettre en question les méthodes, les conclusions, tout! Pour les gens qui ne sont pas du domaine, ça peut sembler violent. Et parfois, ce l’est, même de l’avis des collègues! De la façon dont je le perçois, le but est de faire réfléchir l’étudiant, d’amener la thèse plus loin et surtout, de vérifier s’il remplit les exigences du titre de docteur.

Image gracieuseté de XKCD: https://xkcd.com/1403/

La délivrance

Une fois les questions terminées, le comité se retire pour délibérer. Pendant ce temps, le public peut poser des questions (oui, oui, la famille peut en poser!). Lorsque le comité revient, le président annonce solennellement à l’étudiant s’il est docteur. Est-ce que l’échec est possible? Théoriquement, oui. Pratiquement? Pas vraiment. Un directeur ne devrait jamais permettre à un étudiant qui n’est pas prêt à soutenir. Et le comité peut toujours dire dans son rapport que la thèse n’est pas prête.

Une fois l’étudiant devenu docteur, il pleure en remerciant tout le monde.

Party!

Dans mon labo, on est nombreux et un peu intense. Suite aux remerciements, on fait un petit bien-cuit du nouveau docteur. Ensuite, il y a un vin d’honneur, suivi d’un souper-soirée. Les photos prises lors de la soirée sont généralement réutilisées par la suite dans le bien-cuit des étudiants au doctorat suivants.

Et voilà!

(1)Vous me direz que c’est logique et que j’aurais dû m’en rendre compte avant. Je sais, mais on vit tous dans une bulle!

(2) Dit comme ça, ça semble facile.

(3) Les Australiens ne soutiennent pas leur thèse. C’est un peu comme si la fin de ton doctorat faisait pouet pouet poueeett. (Fin poche).

Pourquoi suis-je biologiste et comment intéresser vos enfants à la science

J’ai délibérément choisi un titre fallacieux cette semaine. En fait, je n’ai aucune idée de ce qui m’a porté à devenir biologiste. Je ne sais pas d’où vient mon intérêt pour la nature et la science. Je sais qu’au secondaire, je voulais devenir biologiste. Au Cégep? Toujours biologiste. Jusqu’au doctorat…en plus, je ne sais pas vraiment comment amener les enfants à s’intéresser à la science.

Bref, j’ai l’impression que mon parcours est moins rationnel que celui de plusieurs écologistes cool. Par contre, je crois qu’il y a quelque chose d’important à retenir de mon cheminement personnel. Une épiphanie ou un évènement marquant ne pas requis pour générer une passion chez un enfant ou un adolescent. Pour s’épanouir, la passion n’a peut-être besoin que de la liberté, celle de choisir ses intérêts, ses activités.

Pour choisir, il faut savoir ce qui s’offre à nous. Quelques idées, au cas où vous ayez un enfant à initier à la science cet été (1) :

  • Aquarium du Québec, si agréable, avec plein d’activités pour les enfants. Et des BÉBÉS MORSES!
  • La Société Provancher offre des activités intéressantes prochainement, notamment une séance de baguage d’oiseaux.
  • Les parcs gouvernementaux, comme Parcs Canada et les parcs du réseau SÉPAQ offre toujours des activités d’éducation et de sensibilisation.
  • Il existe des camps de jour centrés sur la science. Notamment les Petits Débrouillards (plusieurs camps à travers la province, dont un à l'Université Laval) et Science en folie, que je ne connais pas personnellement.

Une liste bien courte. Qu’avez-vous à y ajouter?

(1) Mon frère ne le sait pas, mais je vais clairement inciter ma nièce à devenir biologiste. C’est mon plan secret.

On brûle! L'utilisation du feu pour augmenter la productivité de la forêt boréale

Cette semaine, je vous offre la vulgarisation d'un article scientifique. En fait, c'est un travail que j'ai du faire dans le cadre d'un cours sur l'aménagement écosystémique donné par Alison Munson. Je vous en reparle prochainement!

Ce texte est une vulgarisation de l’article scientifique suivant :

Renard, S. M., S. Gauthier, N. J. Fenton, B. Lafleur et Y. Bergeron. 2016. Prescribed burning after clearcut limits paludification in black spruce boreal forest. Forest Ecology and Management 359: 147–155.


Tout campeur connaît l’importance de bien éteindre ses feux de camp pour éviter les feux de forêt. Toutefois, l’utilisation de feux contrôlés peut être bénéfique aux forêts boréales. Avant de sortir vos allumettes, laissez-moi vous expliquer en quelles circonstances le feu peut contribuer à la régénération et à la productivité des forêts d’épinettes noires.

Forêt en paludification. On peut voir l’épais tapis de mousse sur le sol forestier. Photo de I. Gueorgievskiy, http://suotacis.krc.karelia.ru/nature/mire.php

Mais tout d’abord, connaissez-vous la paludification ? La paludification est le processus d’accumulation de matière organique non décomposée sur le sol forestier. Cette accumulation ralentit le taux de décomposition, ce qui accélère le processus. À long terme, la forêt d’épinette est envahie par un tapis de sphaigne (une mousse) et d’éricacées (un groupe d’arbuste) et se transforme graduellement en une tourbière moins productive sur le plan de l’exploitation forestière. Ce processus fait partie du cycle de vie naturel des forêts d’épinettes noires, tout comme les feux de forêt. Les feux, quant à eux, décomposent la matière organique et activent les microorganismes du sol. Ils détruisent la mousse et les arbustes et génèrent ainsi des sites où pourront s’établir de jeunes épinettes. La forêt rajeunit et le cycle recommence !

La coupe avec protection de la régénération et des sols (pratique forestière actuellement privilégiée en Ontario) pourrait accélérer la paludification des forêts d’épinettes noires. Lors de ce type de coupe, la majorité du sol organique et de la végétation au sol demeure intacte. Étonnamment, c’est la coupe totale qui produit des effets se rapprochant des impacts des feux. En endommageant les sols, la machinerie lourde mélange la couche organique du sol et accélère sa décomposition. En détruisant mousses et arbustes, la coupe totale génère également des sites favorables à l’établissement des épinettes noires.

Ce n’est pas tout ! L’utilisation de brûlage dirigé (un feu sous contrôle) suite aux coupes totales permettrait de faire encore mieux. Cette méthode reproduirait les effets d’un feu naturel : elle active les microorganismes du sol permettant la décomposition et contrôle les sphaignes et les éricacées.

Après la coupe, les arbustes éricacées sont devenus dominants sur ce site, ce qui nuit à la régénération des épinettes. Photo tirée de Thiffault, et al. 2013

Des chercheurs ont étudié différents sites de la région Clay belt, en Ontario, dans le but de comparer les impacts de ces différentes méthodes d’exploitation forestière. Leurs résultats démontrent que la décomposition de la matière organique est plus rapide suite à une coupe totale avec brûlage dirigé qu’après une coupe avec protection de la régénération et des sols. De plus, le tapis de sphaigne ne couvre que 14 % des sites avec brûlage, comparativement à 60 % des sites de coupe avec protection de la régénération et des sols. Par contre, les brûlage dirigés ne semblent pas avoir eu d’impact sur la présence des éricacées. Pour éliminer ces arbustes, un feu plus intense est nécessaire pour endommager leurs racines. Dans le nord-est canadien, d’autres techniques forestières ont été proposées pour éliminer la dominance des éricacées, par exemple la préparation des sols (scarification).

La coupe totale avec brûlage dirigé a-t-elle des effets supplémentaires sur le sol que la coupe totale sans feu ? En fait, les impacts de ces deux méthodes sur la décomposition et la végétation au sol sont les mêmes. Est-ce donc dire que la technique avec feu ne reproduit pas mieux le cycle de vie naturel des forêts d’épinettes noires que la coupe totale ? Non ! Car en plus des caractéristiques du sol et de la végétation, les chercheurs ont évalué la densité d’épinettes des forêts régénérées. Les sites de coupe totale avec brûlage sont les seuls à présenter une augmentation constante de la densité d’épinette noire depuis la coupe, ce qui démontre une augmentation de la productivité de ces forêts.

Les brûlage dirigés favorisent la régénération des forêts d’épinettes noires, car ils inversent le processus de paludification en augmentant la décomposition de la matière organique et en éliminant une partie de la végétation compétitrice, les sphaignes. Le sol forestier devenant plus favorable aux épinettes noires, cette technique produit des forêts plus denses et donc plus productives. C’est toutefois une technique à utiliser avec précaution, car on risque la propagation du feu. Gardez donc vos allumettes et vos guimauves pour le feu de camp !

L’article suivant a également été consulté pour réaliser cet article :

Thiffault, N., N. J. Fenton, A. D. Munson, F. Hébert, R. A. Fournier, O. Valeria, R. L. Bradley, Y. Bergeron, P. Grondin, D. Paré et G. Joanisse. 2013. Managing understory vegetation for maintaining productivity in black spruce forests: a synthesis within a multi-scale research model. Forests 4: 613–631.

 

Scientific writing I can't forget

*English follow below*

Dans la dernière semaine et demie, j’ai lu l’excellent The Scientist’s Guide to Writing de Stephen Heard. Je vous le recommande chaudement, spécialement si vous débutez dans le domaine de l’écriture scientifique. Stephen, que j’ai rencontré virtuellement sur Twitter et en personne à la SCEE, conclu son livre sur la beauté et l’humour dans la littérature scientifique. J’ai eu envie de vous partager certaines de ces touches d’originalité qui m’ont marqué depuis que j’ai commencé ma carrière scientifique. Malheureusement, elles seront en anglais!


Since the last week and a half, I’ve read the excellent The Scientist’s Guide to Writing of Stephen Heard. I strongly recommend it, especially if you’re starting in scientific writing. Stephen, whom I met virtually on Twitter and in person at the CSEE conference, concludes his book with a chapter on beauty and humour in scientific writing. I wanted to share some of these touches I’ve found since I start reading science.

Sentences I can’t forget

“To many ecologists, such an approach risks the peril of being drawn into the black hole of reductionism,  in which one becomes so preoccupied with the details of every situation that generalizations never emerge.”

Wiens, J. A., N. C. Stenseth, B. Vanhorne and R. A. Ims (1993). Ecological mechanisms and landscape ecology. Oikos 66: 369-380.

“Avide recording of herbivores feeding is not the sort of footage that leads to many Trials of life-type, glossy documentaries, narrated by important natural historians with English accent”

Now, I sadly lost the reference to this. Old-me only noted: Newman in Stephens. If someone knows the exact reference to this citation, I would be delighted.

*Edit: My amazing friend Aimée found it! It's in J. Newman chapter of Stephens, David W., Joel S. Brown, and Ronald C. Ydenberg. Foraging: behavior and ecology. University of Chicago Press, 2007.*

Title to remember

A friend of mine included in one of his title the phrase « There and back again », to talk about caribou migration. If you are not a Lord of the Ring fan (1), I need to say that this is the title of Bilbo Baggins book.

The article that took it over the top

Fischer and collaborators wrote one of my favourite article ever (Fischer, S. F., P. Poschlod and B. Beinlich (1996). Experimental studies on the dispersal of plants and animals on sheep in calcareous grasslands. Journal of Applied Ecology 33: 1206-1222.) Here are some citations from it:

“After a sheep (named “Lotte”) had been tamed [...]”.
“[...] another sheep (“Berta”) was tamed.”
“The examination was conducted by intensive hand searches similar to the way monkeys groom each other.”
“While the animals were on the sheep, some behaviours were observed which indicated that they apparently enjoyed their ride.”

And I’m not even talking about their sheep dummy attached to the leg of one of the researchers. Do you know other examples of fun scientific writing that doesn’t get in the way of a crystal clear message?

(1) Why wouldn’t you be?

Au secours, j'ai eu une idée!

Parfois, mon directeur a des idées qui impliquent plus de travail (pour nous, les étudiants). Parfois, les idées viennent des étudiants. Douce, douce vengeance.

Ça fait longtemps que j’envie les laboratoires très dynamiques, où les étudiants commencent d’eux-mêmes des projets complémentaires, en collaboration. Certains de ces projets prennent même la forme d’articles publiés, une denrée précieuse pour un CV de scientifique en début de carrière ! Mon propre labo me semble assez dynamique, avec un niveau d’entraide élevé. Mais il reste que peu de collaborations hors projet de maitrise/doctorat se développent. Bref, on s’aide beaucoup, ce qui prend une bonne partie de notre temps, mais le bénéfice de l’entraide reste immatériel. C’est bon pour le moral et j’aime aider mes collègues ! Mais comment améliorer, augmenter, rentabiliser cette activité ? (2) Comment passer de l’entraide à la collaboration ?

En amenant cette question en réunion de labo, des idées intéressantes sont apparues (3). Pour l’instant, la réflexion est toujours en cours. On envisage d’utiliser un schéma de concept pour clarifier les différents axes de recherche et faire des liens entre les différents projets des étudiants. Ce schéma contiendrait à la fois des concepts (des éléments stables) et des idées (des nouveaux résultats, des idées nouvelles…).

Reste à répondre à bien des questions :

  1. Quel médium utiliser pour notre schéma ? Un tableau physique, situé près du bureau de mon directeur ? Un outil en ligne, qui permet des mises à jour rapides, mais qui risque de prendre des proportions gargantuesques ?
  2. Qu’est-ce qu’un concept exactement ? Comment savoir si ça vaut la peine de le mettre dans le schéma ?
  3. Une fois le schéma réalisé, est-ce que voir les différents liens entre nos projets nous permettra de collaborer plus ? Il faudra probablement des mesures additionnelles…

Si quelqu’un a des idées intéressantes à suggérer, je suis preneuse !

(1) D’ailleurs, le tableau de bord fonctionne toujours. Il est utilisé de façon variable, dépendamment de l’étudiant. J’éprouve toujours un intense moment de satisfaction à indiquer une tâche comme complétée. Bref, pour moi, c’est un grand succès !

(2) Vous pourriez me dire que ce n’est pas nécessaire et que je pourrais simplement profiter de mon environnement agréable, ce à quoi un pourcentage relativement faible d’étudiants ont accès. Toutefois, je veux rester en recherche… et rentabiliser mon utilisation de mon temps me semble important. Je serais d’ailleurs intéressée à savoir si vous êtes d’accord avec ça… commentaires ?

(3) Le reste de ce billet concerne donc des idées collectives et pas uniquement les miennes !

Une histoire de coeurs

Ce billet sera le dernier de ma série sur l'évolution des vertébrés. Sans les excellentes notes de laboratoire de Benoît Dumas, je n'aurais pas pu vous raconter cette histoire! Et aujourd'hui, ce sera une histoire de coeur, soit l'évolution de notre coeur.

Vous savez que le cœur pompe notre sang à travers nos poumons et tous nos organes. Le cœur humain est en fait divisé en quatre cavités : 2 ventricules et 2 oreillettes. L’oreillette droite reçoit le sang réduit (pauvre en oxygène) du corps, l’envoi au ventricule, très musclé, qui le distribue vers les poumons. Une fois oxygéné, le sang revient au cœur par l’oreillette gauche, puis le ventricule gauche et se dirige par l’arc aortique pour irriguer tout le corps. C’est ce qu’on appelle une double circulation. Le cœur des oiseaux est d’ailleurs très similaire.

Un coeur humain, un schéma que vous pouvez retrouver sur ce site : http://www.md.ucl.ac.be/peca/coeur.html

Mais ce cœur complexe, à 4 cavités, a évolué à partir d’un cœur à 2 cavités! Le cœur des poissons, des lamproies, des requins ne présente qu’une oreillette et un ventricule. Et ce cœur ne pompe que du sang réduit, qui est envoyé vers les branchies.

Ce qui est vraiment intéressant dans cette histoire, c’est le processus de l’évolution, qui a produit des formes « intermédiaires » chez les amphibiens, les tortues et serpents… En effet, l’apparition des poumons, une structure qui n’existait pas chez les chordés aquatiques, a entraîné bien des changements.

Le cœur de la grenouille, par exemple, a 3 cavités. 2 oreillettes, qui ont les mêmes fonctions que dans notre cœur, mais un seul ventricule. Dans ce ventricule circule sang réduit et oxygéné, avec très peu de mélange grâce à la structure du ventricule et du cône artériel, qui dirige le sang vers les arcs aortiques (1). Mais bon, ce n’est clairement pas une structure idéale. C’est probablement pourquoi les tortues et serpents ont une cloison qui sépare partiellement le ventricule. Les crocodiles, eux, ont une séparation complète du ventricule, mais une circulation différente de la nôtre (2).

Comparaison du coeur des mammifères et des oiseaux, des tortues et amis, et des crocodiles. Image tirée de ce site http://www.cafe-sciences.org/billets/tag/crocodiles/ dans un billet écrit par hans

Bref, faire circuler efficacement du sang, ce n’est pas facile. La prochaine fois que vous aurez le cœur au bord des lèvres, mal au cœur ou que vous ouvrirez votre cœur à quelqu’un, pensez-y!

 (1) Oui oui, les arcs aortiques! Il y en a 2, alors que nous n’en avons qu’un seul. Mon fun fact préféré : notre arc aortique est le gauche, car dans l’évolution, on a perdu le droit. Les oiseaux, eux, ont conservé le droit! Simple hasard de l’évolution… qui nous rappelle que notre ancêtre commun avec les oiseaux est très éloigné.

(2) Oubliez ça, je ne suis pas capable de vous expliquer ça!

Il y a un os

Je ne sais pas si vous avez remarqué, mais nous sommes tout de même très différents des chordés que je vous ai présentés il y a deux semaines... Dans ce deuxième billet de ma série sur l’évolution des vertébrés, je veux vous parler de système squelettique. Et plus précisément, de cette partie de votre corps appelée mâche-patate ou plus officiellement, mâchoire. Euh, vous trouvez que ça semble un peu ennuyant?

Détrompez-vous. L’évolution de la mâchoire est en fait une histoire de récupération assez surprenante. Vous avez peut-être déjà entendu dire que l’évolution « récupère » des structures, c’est-à-dire que des structures existantes sont adaptées à de nouveaux usages. On appelle ça une exaptation. L’exemple le plus connu est probablement les plumes. Les plumes auraient eu une fonction de thermorégulation (1) avant d’être réutilisées pour le vol.

Si l'on revient à la mâchoire, vous vous rappelez probablement que tous les chordés ont des fentes branchiales pharyngiennes. Bref, des fentes qui sont les branchies chez les organismes aquatiques. Chaque branchie est soutenue, soit par du cartilage chez les chordés plus primitif, soit par des os, ce qu’on appelle un arc branchial. En regardant le crâne d’un requin (un chordé plus primitif), on remarque une forte similitude entre les arcs branchiaux et la mâchoire. En fait, la mâchoire provient des deux premiers arcs branchiaux!

Image: University of Cumberlands (http://inside.ucumberlands.edu/academics/biology/faculty/kuss/courses/skeletal%20system/skullChondrichthtyes.htm) qui nous fait une belle introduction du crâne de requin.

Au fil de l’évolution, les os de cette mâchoire primitive se sont fusionnés, certains ont migré vers le crâne. Jusqu’à former cette boite crânienne solide que vous pouvez remarquer chez les reptiles (2), les oiseaux, les mammifères… Certains os que l’on retrouve dans la mâchoire des requins forment même notre oreille interne (marteau, enclume et étrier!).

Parce qu’on peut suivre le devenir d’un même os chez plusieurs organismes, le système squelettique nous donne la chance d’observer l’évolution!

Encore une fois, ce blogue n'aurait pas été possible sans les notes de laboratoire écrites par Benoit Dumas et Jean-Pierre Tremblay!

 (1) Ou de camouflage. Ou de séduction…on ne sera probablement jamais certains!

(2) En fait, il n’y a pas de groupe qui s’appelle les reptiles en classification phylogénétique. Mais je ne m’embarquerais pas dans des explications de quelque chose que je maitrise peu!

La gang des chordés

Aujourd’hui, j’inaugure une petite série de billets sur l’évolution et la diversité des vertébrés (1). Commençons par une question : quel lien relie les humains aux organismes suivants?

Pêche de mer, image trouvée sur http://www.qc.dfo-mpo.gc.ca/publications/envahissant-invasive/ascidie-plissee-clubbed-tunicate-fra.html

Pêche de mer, image trouvée sur http://www.qc.dfo-mpo.gc.ca/publications/envahissant-invasive/ascidie-plissee-clubbed-tunicate-fra.html

Amphioxus, image trouvée sur http://shapeoflife.org/news/featured-creature-amphioxus

Amphioxus, image trouvée sur http://shapeoflife.org/news/featured-creature-amphioxus

La pêche de mer (ou tunicier), amphioxus et les humains font tous partie du clade des chordés.

Eh oui, nous sommes évolutivement plus près de la pêche de mer que des papillons ou des araignées (à la grande joie de plusieurs).

Mais ce que vous ne savez peut-être pas, c’est que tous les chordés partagent 5 caractéristiques. Bon, ces caractéristiques ne sont pas nécessairement présentes chez l’adulte, mais à un moment donné de notre vie, elles étaient là. Et franchement, je les trouve plutôt surprenantes :

1-La notocorde : euh, qu’est-ce qu’une notocorde? C’est une tige faite d’un tissu semblable au cartilage qui traverse les chordés. C’est un peu une version primitive de la colonne vertébrale qui est utile pour la locomotion. Vous avez d’ailleurs en vous des restes de notocorde…ce sont les disques intervertébraux de votre colonne vertébrale!

2-Des fentes branchiales pharyngiennes : eh oui, lorsque vous étiez un fœtus, vous avez eu pendant un cours instant des fentes dans le pharynx. Je vous reparlerai prochainement des fentes branchiales pharyngiennes, qui ont un parcours évolutif intéressant.

3-Un tube neural dorsal : les chordés n’ont pas inventé le système nerveux, mais le leur a cette particularité d’être au dos de l’animal et d’être creux.

4-Une queue post-anale : ceux d’entre vous qui sont tombés sur le derrière connaissent bien notre reliquat de queue, le coccyx. On la voit également très bien sur les images de fœtus. La présence d’une queue nous unit avec bien des organismes.

5-Un endostyle : encore un nom bizarre! En fait, l’endostyle est, chez les chordés filtreurs comme les tuniciers et amphioxus, une gouttière dans le pharynx qui sécrète un mucus et permet d’englober les particules de nourriture. Chez nous, il devient la glande thyroïde!

À regarder le tunicier, on a l’impression de voir une créature lointaine qui ne partage rien avec nous. Mais en fait, nous, en tant qu’espèces, partageons cinq caractéristiques fondamentales qui permettent de dire qu’on fait partie de la même gang. Bref, voilà une constatation fascinante à sortir à votre prochain souper de famille pour impressionner (ou ennuyer…?).

(1) Pourquoi? Ces deux dernières semaines, j’ai été débordée par ma tâche d’auxiliaire d’enseignement dans un cours sur la diversité des vertébrés. En gros, je réponds aux questions des étudiants dans une période de travaux pratiques (nommée laboratoire ou plus simplement labo). Notez que je n’aurais jamais pu préparer le blogue d’aujourd’hui sans les notes de laboratoire de Benoît Dumas, un technicien génial qui enseigne à l’Université Laval!

 

Avoir l'air d'une pro du codage pour les nuls

Il y a peu de temps, une étudiante à la maitrise de mon labo m’a demandé de l’aide pour coder une manipulation de données dans le logiciel R. J’ai alors réalisé que les temps avaient changé. Grâce à d’habiles manœuvres, j’ai réussi à faire croire aux gens autour de moi que je suis compétente en codage.

Aujourd’hui, je partage mes secrets avec vous. La beauté, c’est que mes trucs marchent avec plusieurs langages informatiques.

1. Décomposer les étapes entre le point de départ et le résultat souhaité

Au lieu d’essayer de trouver une solution déjà existante qui fait l’entièreté de ce que vous voulez faire, essayer de décomposer le problème en plusieurs étapes. En fait, c’est souvent ce qu’on l’air de faire les fonctions de R lorsqu’on regarde le code qui est derrière. C’est plus simple avec un exemple. Mon fichier de départ ressemble à ceci :

> Data
     ID Annee Variable
[1,]  1  2012       30
[2,]  1  2014       28
[3,]  2  2012       32
[4,]  3  2012       27
[5,]  3  2013       25
[6,]  4  2014       34
[7,]  5  2012       31

Et je veux obtenir une somme de la valeur de la variable par ID, mais seulement pour les variables mesurées en 2012 et 2014. Si je décompose les étapes à réaliser : 1-Éliminer les observations prises dans des années autres que 2012 et 2014, 2-Faire la somme par ID. C’est un exemple extrêmement facile, mais vous pouvez appliquer la même méthode à un problème difficile. Oui, parfois, il existe un moyen de faire tout ça en une seule ligne de code. Par contre, si vous passez 1 jour à chercher cette ligne de code alors que décomposer le problème vous prend 1 heure, vous perdez quand même du temps!

2. Googler votre question de la façon la plus stupide qui soit

Ça semble évident? Pourtant plein de gens oublient de le faire ou n’obtiennent pas les résultats voulus. Prenons l’étape 2 de mon problème précédent et effectuons la recherche suivante :

« Somme par valeur variable R »

Le troisième lien semble présenter une proposition acceptable. Écrit en anglais (« sum per variable value R ») nous amène rapidement au site web stackoverflow, un site où les utilisateurs peuvent poser des questions sur le codage.

Et voilà! Oui, c’est tout. Le reste, c’est des essais-erreurs et une question de méthode de travail. Si vous prenez le temps de commenter vos codes et de chercher des solutions, vous finirez par apprendre à mieux coder.

Le rejet, encore

La conjoncture de deux évènements m’incite à vous parler encore de rejet cette semaine.

Évènement numéro 1 : Connaissez-vous, sur Facebook, cette terrible indication qui vous dit si la personne a lu ou non votre message? Le milieu académique a maintenant son équivalent, depuis que le processus de soumission d’articles a été informatisé. Sur le site du journal, je peux suivre chaque étape de la resoumission de ma méta-analyse. Depuis mardi, mon article est à Proofing decision letter started . La torture est développée dans le milieu. Les statuts ont des noms si cryptiques qu’on ne peut que tenter de deviner ce qui se passe avec son manuscrit. Selon ma compréhension, cela voudrait dire que je suis sur le point de recevoir une réponse. Et comme ça fait peu de temps que j’ai resoumis, j’envisage un second rejet de mon article.

Évènement numéro 2 : Timothée Poisot est responsable du compte Twitter Biotweeps cette semaine (1) et il a justement discuté de comment prendre le rejet. J’ai trouvé ses idées pertinentes et je vous partage certains de ses tweets. Je vous conseille d'aller lire le reste!

(1) Chaque semaine, un nouveau biologiste qui discute de science, de bio et de plein de trucs ! Je l’ai déjà fait et c’est une belle expérience.